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万見
- PDB-2krc: Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2krc
タイトルSolution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase
要素DNA-directed RNA polymerase subunit deltaポリメラーゼ
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / delta subunit (デルタ) / gram-positive bacteria (グラム陽性菌) / DNA-directed RNA polymerase (ポリメラーゼ) / Nucleotidyltransferase / Transferase (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase, subunit delta, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit delta, N-terminal domain superfamily / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Motackova, V. / Sanderova, H. / Zidek, L. / Novacek, J. / Padrta, P. / Svenkova, A. / Jonak, J. / Krasny, L. / Sklenar, V.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2010
タイトル: Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase and its classification based on structural homologs
著者: Motackova, V. / Sanderova, H. / Zidek, L. / Novacek, J. / Padrta, P. / Svenkova, A. / Korelusova, J. / Jonak, J. / Krasny, L. / Sklenar, V.
履歴
登録2009年12月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7691
ポリマ－11,7691
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit delta / ポリメラーゼ / N delta / RNAP delta factor


分子量: 11769.083 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 2-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12464

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HMQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1713D HNCO
1813D HNHA
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D 1H-15N NOESY
11113D 1H-13C NOESY
1121(HB)CB(CGCD)HD
11322D 1H-15N IPAP
11422D HN[C]-S3E
11522D (H)CACO-IPAP
11622D 13C-coupled 1H-13C HSQC
11732D 1H-15N IPAP
11832D HN[C]-S3E
11932D (H)CACO-IPAP
12032D 13C-coupled 1H-13C HSQC
12112D 13C-detected CON
12222D 13C-detected CON
12312D 1H-15N IPAP
12412D HN[C]-S3E
12512D (H)CACO-IPAP
12612D 13C-coupled 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 mM sodium chloride-1, 50 uM sodium azide-2, 20 mM phosphate buffer-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
210 mM sodium chloride-4, 50 uM sodium azide-5, 20 mM phosphate buffer-6, 14.29 mg/mL filamentous Pf1 bacteriophage-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
310 mM sodium chloride-8, 50 uM sodium azide-9, 20 mM phosphate buffer-10, 5 % polyacrylamide gel-11, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
10 mMsodium chloride-11
50 uMsodium azide-21
20 mMphosphate buffer-31
10 mMsodium chloride-42
50 uMsodium azide-52
20 mMphosphate buffer-62
14.29 mg/mLfilamentous Pf1 bacteriophage-72
10 mMsodium chloride-83
50 uMsodium azide-93
20 mMphosphate buffer-103
5 %polyacrylamide gel-113
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6.6 / 圧: 1 atm / 温度: 301 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDraw3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.111Goddardchemical shift assignment
Sparky3.111Goddardpeak picking
ARIA2.1Linge, O'Donoghue and Nilgesnoe assignment
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLORBrunger精密化
S3EPYPetr Novakdipolar coupling determination
S3EPYPetr Novakpeak picking
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2341 / NOE intraresidue total count: 734 / NOE long range total count: 544 / NOE medium range total count: 564 / NOE sequential total count: 499 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 66 / Protein psi angle constraints total count: 66
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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