[日本語] English
万見
- PDB-2kr6: Solution structure of presenilin-1 CTF subunit -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kr6
タイトルSolution structure of presenilin-1 CTF subunit
要素Presenilin-1プレセニリン1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / protease (プロテアーゼ) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Alzheimer disease (アルツハイマー病) / Amyloidosis (アミロイドーシス) / Apoptosis (アポトーシス) / Cell adhesion (細胞接着) / Disease mutation / Endoplasmic reticulum (小胞体) / Golgi apparatus (ゴルジ体) / Membrane (生体膜) / Neurodegeneration (神経変性疾患) / Notch signaling pathway (Notchシグナリング) / Phosphoprotein / Polymorphism / Transmembrane (膜貫通型タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / positive regulation of coagulation / protein catabolic process at postsynapse / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / Noncanonical activation of NOTCH3 / sequestering of calcium ion / Notch receptor processing ...Cajal-Retzius cell differentiation / positive regulation of L-glutamate import across plasma membrane / positive regulation of coagulation / protein catabolic process at postsynapse / negative regulation of core promoter binding / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / Noncanonical activation of NOTCH3 / sequestering of calcium ion / Notch receptor processing / choline transport / synaptic vesicle targeting / negative regulation of axonogenesis / regulation of resting membrane potential / T cell activation involved in immune response / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / skin morphogenesis / growth factor receptor binding / neural retina development / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of synaptic vesicle cycle / L-glutamate import across plasma membrane / myeloid dendritic cell differentiation / Regulated proteolysis of p75NTR / regulation of phosphorylation / brain morphogenesis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / locomotion / nuclear outer membrane / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of canonical Wnt signaling pathway / amyloid precursor protein metabolic process / astrocyte activation involved in immune response / aggresome / embryonic limb morphogenesis / skeletal system morphogenesis / cell fate specification / 繊毛 / regulation of postsynapse organization / azurophil granule membrane / regulation of neuron projection development / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / positive regulation of amyloid fibril formation / positive regulation of receptor recycling / positive regulation of dendritic spine development / mitochondrial transport / positive regulation of catalytic activity / blood vessel development / heart looping / protein glycosylation / amyloid precursor protein catabolic process / cerebral cortex cell migration / amyloid-beta formation / negative regulation of apoptotic signaling pathway / autophagosome assembly / membrane protein ectodomain proteolysis / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / 小胞体 / neuron development / hematopoietic progenitor cell differentiation / somitogenesis / 小胞体 / Nuclear signaling by ERBB4 / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / Notchシグナリング / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / neuron projection maintenance / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Degradation of the extracellular matrix / NRIF signals cell death from the nucleus / positive regulation of glycolytic process / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / cerebellum development / post-embryonic development / thymus development / negative regulation of protein phosphorylation / dendritic shaft / epithelial cell proliferation / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / PDZ domain binding / astrocyte activation / apoptotic signaling pathway / synapse organization / neuron migration / calcium channel activity / regulation of synaptic plasticity / neuromuscular junction / protein processing / 筋鞘 / 記憶 / 動原体 / beta-catenin binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / 細胞接着 / positive regulation of protein import into nucleus / neuron cellular homeostasis / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process
類似検索 - 分子機能
プレセニリン / Peptidase A22A, presenilin 1 / Peptidase A22A, presenilin / Presenilin, C-terminal / プレセニリン / Presenilin/signal peptide peptidase / Presenilin, signal peptide peptidase, family / Cyclin A; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
プレセニリン1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Doetsch, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of presenilin-1 CTF subunit
著者: Doetsch, V.
履歴
登録2009年12月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Presenilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4461
ポリマ－19,4461
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Presenilin-1 / プレセニリン1 / PS-1 / Protein S182


分子量: 19445.869 Da / 分子数: 1 / 断片: Presenilin-1 CTF subunit, UNP residues 292-467 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AD3, PS1, PSEN1, PSNL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49768, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 3D HNCA

-
試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ps1ctf-1, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.5 mM / 構成要素: ps1ctf-1 / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT bar / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9504

-
解析

NMR software名称: CYANA / バージョン: 3 / 開発者: P.GUNTERT ET AL. / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る