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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ke7 | ||||||
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タイトル | NMR structure of the first SAM domain from AIDA1 | ||||||
要素 | Ankyrin repeat and sterile alpha motif domain-containing protein 1B | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / SAM domain (SAMドメイン) / Alternative splicing (選択的スプライシング) / ANK repeat / Cell junction (細胞結合) / Cell membrane (細胞膜) / Cell projection / Cytoplasm (細胞質) / Membrane (生体膜) / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Postsynaptic cell membrane / Synapse (シナプス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ephrin receptor signaling pathway / カハール体 / ephrin receptor binding / 樹状突起スパイン / postsynaptic density / 中心体 / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Donaldson, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: NMR structure of the first SAM domain from AIDA1 著者: Donaldson, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ke7.cif.gz | 187.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ke7.ent.gz | 149.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ke7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/2ke7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/2ke7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11502.014 Da / 分子数: 1 / 断片: first SAM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: This vector is from the NIH structural genomics consortium. It contains a His6 tag, Maltose Binding Protein tag and a TEV protease cleavage site 遺伝子: ANKS1B / プラスミド: pDEST586 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q7Z6G8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using NOE restraints and dihedral angle restraints predicted from chemical shifts |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.8 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] AIDA1 SAM1-1, 10 % D2O-2, 90 % H2O-3, 150 mM sodium chloride-4, 20 mM sodium phosphate-5, 0.05 % sodium azide-6, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.15 / pH: 7.8 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian NMRS / 製造業者: Varian / モデル: NMRS / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: 5000 steps using CYANA standard torsion angle dynamics, water-refinement using XPLOR-NIH and cartesian dynamics. Specifics: 2000 hot steps at 500 K, 500 cool steps to 100 K final in 100 K increments | ||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 661 / NOE intraresidue total count: 351 / NOE long range total count: 86 / NOE medium range total count: 66 / NOE sequential total count: 158 | ||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 25 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å |