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- PDB-1hqj: CRYSTAL STRUCTURE OF A DE NOVO DESIGNED TRIMERIC COILED-COIL PEPTIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hqj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A DE NOVO DESIGNED TRIMERIC COILED-COIL PEPTIDE
要素ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / coiled coil (コイルドコイル) / de novo design / alpha-helix (Αヘリックス) / trimer
機能・相同性LEAD (II) ION
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Burkhard, P. / Meier, M. / Lustig, A.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Design of a minimal protein oligomerization domain by a structural approach.
著者: Burkhard, P. / Meier, M. / Lustig, A.
履歴
登録2000年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52018年10月10日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / struct_biol
Item: _entity.formula_weight / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.62019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: entity / software / struct_conn
Item: _entity.formula_weight / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02024年4月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_ref.pdbx_align_begin

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
B: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
C: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
D: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
E: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
F: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
G: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
H: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
I: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
J: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
K: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
L: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,62525
ポリマ－24,37612
非ポリマー2,24913
水2,648147
1
A: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
B: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
C: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4936
ポリマ－6,0943
非ポリマー3993
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3670 Å2
手法PISA
2
D: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
E: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
F: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8127
ポリマ－6,0943
非ポリマー7184
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area3760 Å2
手法PISA
3
G: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
H: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
I: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8127
ポリマ－6,0943
非ポリマー7184
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area3930 Å2
手法PISA
4
J: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
K: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
L: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5085
ポリマ－6,0943
非ポリマー4142
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area3760 Å2
手法PISA
5
G: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
H: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
I: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
J: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
K: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
L: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
ヘテロ分子

A: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
B: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
C: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
D: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
E: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
F: ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,62525
ポリマ－24,37612
非ポリマー2,24913
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area15210 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.334, 44.874, 81.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The peptide is a trimer at high ionic strength

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
ZJU-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-ARG-GLU-LEU-GLU-ALA-ARG-ILE-LYS-NH2


分子量: 2031.294 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Neosystem / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-PB / LEAD (II) ION / 鉛


分子量: 207.200 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Ammonium Sulfate, Sodium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 25 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
21 Msodium acetate1reservoir
360 mg/mlprotein1drop
1ammonium sulfate1reservoir0.900ml saturated

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.951 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月5日 / 詳細: WIGGLER
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.951 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→30 Å / Num. all: 42926 / % possible obs: 81.2 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.58
反射
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 78313 / % possible obs: 81.5 % / Num. measured all: 244675 / Rmerge(I) obs: 0.629

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL精密化
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 1.2→10 Å / Num. parameters: 1680 / Num. restraintsaints: 2133 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER /
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 -5 %
all0.17 4131 -
Refine analyzeNum. disordered residues: 1 / Occupancy sum hydrogen: 1384 / Occupancy sum non hydrogen: 1815
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1610 0 113 147 1870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.9
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-96 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection all: 78313 / Rfactor obs: 0.159 / Rfactor Rfree: 0.22
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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