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万見
- PDB-2j40: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Thermus thermophilus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2j40
タイトル1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Thermus thermophilus with bound inhibitor L-proline and NAD.
要素1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE1-ピロリン-5-カルボン酸デヒドロゲナーゼ
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / GLUTAMATE (グルタミン酸) / TYPE II HYPERPROLINMIA / 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE (1-ピロリン-5-カルボン酸) / PROLINE METHABOLIC PATHWAY
機能・相同性
機能・相同性情報


1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / proline catabolic process to glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
1-ピロリン-5-カルボン酸デヒドロゲナーゼ / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain ...1-ピロリン-5-カルボン酸デヒドロゲナーゼ / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / プロリン / L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Inagaki, E. / Sakamoto, K. / Nishio, M. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Ternary Complex of Delta1-Pyrroline-5-Carboxylate Dehydrogenase with Substrate Mimic and Co-Factoer
著者: Inagaki, E. / Sakamoto, K. / Nishio, M. / Yokoyama, S. / Tahirov, T.H.
履歴
登録2006年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,80818
ポリマ－114,2602
非ポリマー2,54816
水14,196788
1
A: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
B: 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)350,42454
ポリマ－342,7796
非ポリマー7,64548
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area32890 Å2
ΔGint-129.5 kcal/mol
Surface area116400 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)102.043, 102.043, 278.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.977, -0.215, -0.004), (-0.215, -0.977), (-0.004, 0.001, -1)
ベクター: 7.93045, 69.15659, 222.85268)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 1-PYRROLINE-5-CARBOXYLATE DEHYDROGENASE / 1-ピロリン-5-カルボン酸デヒドロゲナーゼ


分子量: 57129.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C 322 IS OXIDATED TO BE S-HYDROXYCYSTEINE
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (サーマス・サーモフィルス)
株: HB8 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SI02, EC: 1.5.1.12

-
非ポリマー , 7種, 804分子

#2: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチド


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 2-Methyl-2,4-pentanediol


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細Q5SI02_THET8

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.2
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 37.5% MRD, 50 MM SODIUM CITRATE, PH 5.2; THEN SOAKED IN 2MM NAD, 100MM L-PROLINE, 50 MM SODIUM ACETATE PH5.2.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 62989 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BJK

2bjk


解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.868 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 3193 5.1 %RANDOM
Rwork0.14 ---
obs0.142 59782 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.32 Å20.66 Å20 Å2
2--1.32 Å20 Å2
3----1.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8078 0 170 788 9036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0228452
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5361.98311478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.9545.0391034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.97622.938388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.903151341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3661577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.24324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.25713
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2886
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.285
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1280.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7071.55148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27528245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.45533432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9394.53233
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.224 230
Rwork0.174 4396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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