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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2j2j | ||||||
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タイトル | Canine adenovirus fibre head at 1.5 A resolution | ||||||
要素 | FIBER PROTEIN繊維状タンパク質 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / FIBER PROTEIN (繊維状タンパク質) / CANINE ADENOVIRUS / AD / CAR (自動車) / KNOB / HEAD (頭) / FIBER FIBRE / ADENOVIRUS (アデノウイルス) / COXSACKIEVIRUS (コクサッキーウイルス) / ADENOVIRUS RECEPTOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / カプシド / 細胞接着 / symbiont entry into host cell / host cell nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CANINE ADENOVIRUS 2 (犬伝染性肝炎) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Seiradake, E. / Lortat-Jacob, H. / Billet, O. / Kremer, E.J. / Cusack, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structural and Mutational Analysis of Human Ad37 and Canine Adenovirus 2 Fiber Heads in Complex with the D1 Domain of Coxsackie and Adenovirus Receptor. 著者: Seiradake, E. / Lortat-Jacob, H. / Billet, O. / Kremer, E.J. / Cusack, S. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2j2j.cif.gz | 467.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2j2j.ent.gz | 382.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2j2j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/2j2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/2j2j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21685.541 Da / 分子数: 6 / 断片: FIBRE HEAD DOMAIN, RESIDUES 358-542 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) CANINE ADENOVIRUS 2 (犬伝染性肝炎) プラスミド: PQE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q65914 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | CONTAINS ONLY FIBRE HEAD DOMAIN, AND N-TERMINAL 6XHIS TAG | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % |
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結晶化 | 詳細: 0.15 M KBR, 30% PEG MONOMETHYL-ETHER 2000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→28.4 Å / Num. obs: 156532 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 8.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 89.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1QHV 解像度: 1.5→106 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 2.675 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 6.01 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→106 Å
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拘束条件 |
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