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万見
- PDB-2ius: E. coli FtsK motor domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ius
タイトルE. coli FtsK motor domain
要素DNA TRANSLOCASE FTSK
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / NUCLEOTIDE-BINDING / CHROMOSOME PARTITION / ATP-BINDING / DNA-BINDING / CELL DIVISION (細胞分裂) / TRANSMEMBRANE (膜貫通型タンパク質) / INNER MEMBRANE / HEXAMERIC RING / DNA TRANSLOCATION / KOPS / MEMBRANE (生体膜) / DIVISOME / CELL CYCLE (細胞周期) / AAA ATPASE
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA helicase activity / divisome complex / septum digestion after cytokinesis / DNA translocase activity / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / response to osmotic stress / cellular response to antibiotic / cell division site / response to salt stress ...double-stranded DNA helicase activity / divisome complex / septum digestion after cytokinesis / DNA translocase activity / FtsZ-dependent cytokinesis / division septum assembly / response to osmotic stress / cellular response to antibiotic / cell division site / response to salt stress / chromosome segregation / sequence-specific DNA binding / 細胞分裂 / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 - #40 / FtsK gamma domain / DNA translocase FtsK, 4TM region / FtsK alpha domain / Ftsk gamma domain / 4TM region of DNA translocase FtsK/SpoIIIE / FtsK alpha domain / Ftsk_gamma / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / FtsK domain ...Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 - #40 / FtsK gamma domain / DNA translocase FtsK, 4TM region / FtsK alpha domain / Ftsk gamma domain / 4TM region of DNA translocase FtsK/SpoIIIE / FtsK alpha domain / Ftsk_gamma / Threonyl-tRNA Synthetase; Chain A, domain 2 / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA translocase FtsK
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Massey, T.H. / Mercogliano, C.P. / Yates, J. / Sherratt, D.J. / Lowe, J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Double-Stranded DNA Translocation: Structure and Mechanism of Hexameric Ftsk
著者: Massey, T.H. / Mercogliano, C.P. / Yates, J. / Sherratt, D.J. / Lowe, J.
履歴
登録2006年6月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA TRANSLOCASE FTSK
B: DNA TRANSLOCASE FTSK
C: DNA TRANSLOCASE FTSK
D: DNA TRANSLOCASE FTSK
E: DNA TRANSLOCASE FTSK
F: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,6006
ポリマ－337,6006
非ポリマー00
水9,962553
1
A: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2671
ポリマ－56,2671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2671
ポリマ－56,2671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2671
ポリマ－56,2671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2671
ポリマ－56,2671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2671
ポリマ－56,2671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: DNA TRANSLOCASE FTSK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2671
ポリマ－56,2671
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)97.600, 117.200, 132.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DNA TRANSLOCASE FTSK / FTSK MOTOR DOMAIN


分子量: 56266.695 Da / 分子数: 6 / 断片: MOTOR DOMAIN, RESIDUES 818-1329 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P46889
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 997 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 997 TO ALA ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, LYS 997 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, LYS 997 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 997 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, LYS 997 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, LYS 997 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, LYS 997 TO ALA DNA MOTOR PROTEIN, WHICH IS BOTH REQUIRED TO MOVE DNA OUT OF THE REGION OF THE SEPTUM DURING CELL DIVISION AND FOR THE SEPTUM FORMATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→100 Å / Num. obs: 80156 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→100 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2983 4082 5 %RANDOM
Rwork0.2459 ---
obs0.2459 80677 99.8 %-
溶媒の処理Bsol: 47.0167 Å2 / ksol: 0.350993 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.791 Å20 Å2-2.002 Å2
2--5.579 Å20 Å2
3----1.788 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18016 0 0 553 18569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.405
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.72 Å / Rfactor Rfree: 0.3746 / Rfactor Rwork: 0.3097 / Total num. of bins used: 50
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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