[日本語] English
万見
- PDB-2iui: Crystal structure of the PI3-kinase p85 N-terminal SH2 domain in ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2iui
タイトルCrystal structure of the PI3-kinase p85 N-terminal SH2 domain in complex with PDGFR phosphotyrosyl peptide
要素
  • Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • Platelet-derived growth factor receptor beta
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / P85 / SH2 / PI3K (PI3キナーゼ) / SH2 DOMAIN (SH2ドメイン) / SH3 DOMAIN (SH3ドメイン) / PI3-KINASE / DISEASE MUTATION
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet activating factor receptor activity / platelet-derived growth factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / smooth muscle cell chemotaxis / metanephric glomerular capillary formation / cell migration involved in vasculogenesis / aorta morphogenesis ...platelet activating factor receptor activity / platelet-derived growth factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / smooth muscle cell chemotaxis / metanephric glomerular capillary formation / cell migration involved in vasculogenesis / aorta morphogenesis / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / vascular endothelial growth factor binding / perinuclear endoplasmic reticulum membrane / cardiac myofibril assembly / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phosphatidylinositol metabolic process / phosphatidylinositol kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / positive regulation of focal adhesion disassembly / IRS-mediated signalling / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / positive regulation of chemotaxis / interleukin-18-mediated signaling pathway / PI3K events in ERBB4 signaling / Signaling by PDGF / myeloid leukocyte migration / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / neurotrophin TRKA receptor binding / Activated NTRK2 signals through PI3K / cis-Golgi network / Activated NTRK3 signals through PI3K / kinase activator activity / ErbB-3 class receptor binding / RHOF GTPase cycle / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / platelet-derived growth factor receptor binding / RHOD GTPase cycle / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / enzyme-substrate adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex / Nephrin family interactions / RND1 GTPase cycle / Costimulation by the CD28 family / RND2 GTPase cycle / MET activates PI3K/AKT signaling / PI3K/AKT activation / RND3 GTPase cycle / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of filopodium assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / negative regulation of stress fiber assembly / growth hormone receptor signaling pathway / insulin binding / positive regulation of DNA biosynthetic process / RHOV GTPase cycle / RHOB GTPase cycle / Signaling by ALK / negative regulation of cell-matrix adhesion / GP1b-IX-V activation signalling / PI-3K cascade:FGFR3 / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR2 / positive regulation of smooth muscle cell migration / PI-3K cascade:FGFR4 / RHOJ GTPase cycle / positive regulation of calcium ion import / RHOC GTPase cycle / PI-3K cascade:FGFR1 / negative regulation of osteoclast differentiation / intracellular glucose homeostasis / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / PI3K events in ERBB2 signaling / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / RHOG GTPase cycle / RET signaling / T cell differentiation / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K Cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / GAB1 signalosome / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of phospholipase C activity / positive regulation of lamellipodium assembly
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor receptor beta / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Rho GTPase-activating protein domain ...Platelet-derived growth factor receptor beta / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / SH2ドメイン / SHC Adaptor Protein / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet-derived growth factor receptor beta / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / その他 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nolte, R.T. / Eck, M.J. / Schlessinger, J. / Shoelson, S.E. / Harrison, S.C.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of the Pi 3-Kinase P85 Amino- Terminal Sh2 Domain and its Phosphopeptide Complexes
著者: Nolte, R.T. / Eck, M.J. / Schlessinger, J. / Shoelson, S.E. / Harrison, S.C.
履歴
登録2006年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity.src_method / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42021年4月28日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / reflns / struct_conn
Item: _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs ..._refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _reflns.observed_criterion_sigma_I / _reflns.pdbx_redundancy / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
C: Platelet-derived growth factor receptor beta
D: Platelet-derived growth factor receptor beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6644
ポリマ－30,6644
非ポリマー00
水2,108117
1
A: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
C: Platelet-derived growth factor receptor beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3322
ポリマ－15,3322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
D: Platelet-derived growth factor receptor beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3322
ポリマ－15,3322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)40.760, 61.940, 108.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit ...PtdIns-3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 3-kinase 85 kDa regulatory subunit alpha / PtdIns-3-kinase regulatory subunit p85-alpha


分子量: 13939.569 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL SH2 DOMAIN, RESIDUES 321-440 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PIK3R1, GRB1 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27986
#2: タンパク質・ペプチド Platelet-derived growth factor receptor beta / PDGFR-beta / Beta platelet-derived growth factor receptor / Beta-type platelet-derived growth ...PDGFR-beta / Beta platelet-derived growth factor receptor / Beta-type platelet-derived growth factor receptor / CD140 antigen-like family member B / Platelet-derived growth factor receptor 1 / PDGFR-1


分子量: 1392.554 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P09619, 受容体型チロシンキナーゼ
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化詳細: 0.1M SODIUM ACETATE PH 4.6, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 30% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 278 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 12930 / % possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 23.37
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4.92 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: その他 / 解像度: 2.4→15 Å / Rfactor Rfree: 0.2484 / Rfactor Rwork: 0.1784 / Rfactor obs: 0.1784 / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: THIS COODINATES FILE WAS DEPOSITED 10 YEARS AFTER THE PUBLICATION OF THE WORK. SOME OF THE DATA ARE MISSING AND ARE SHOWN AS '00000'.
原子変位パラメータBiso mean: 33.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 0 117 2087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る