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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ibs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI complexed with the cofactor analog AETA and a 10 bp DNA containing 2-aminopurine at the target position | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE/DNA / DNA (デオキシリボ核酸) / DNA methyltransferase (DNAメチルトランスフェラーゼ) / 2-aminopurine / base flipping / nucleotide flipping / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / メチル化 / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Pljevaljcic, G. / Lenz, T. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007 タイトル: 2-Aminopurine Flipped into the Active Site of the Adenine-Specific DNA Methyltransferase M.TaqI: Crystal Structures and Time-Resolved Fluorescence 著者: Lenz, T. / Bonnist, E.Y.M. / Pljevaljcic, G. / Neely, R.K. / Dryden, D.T.F. / Scheidig, A.J. / Jones, A.C. / Weinhold, E. #1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Structure of the N6-adenine DNA methyltransferase M.TaqI in complex with DNA and a cofactor analog 著者: Goedecke, K. / Pignot, M. / Goody, R.S. / Scheidig, A.J. / Weinhold, E. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997 タイトル: Differential binding of S-adenosylmethionine S-adenosylhomocysteine and Sinefungin to the adenine-specific DNA methyltransferase M.TaqI 著者: Schluckebier, G. / Kozak, M. / Bleimling, N. / Weinhold, E. / Saenger, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ibs.cif.gz | 211.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ibs.ent.gz | 162 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ibs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/2ibs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ib/2ibs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains two independent biological assemblies, each consisting of M.TaqI, DNA and cofactor analog AETA. |
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3051.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Solid-phase DNA synthesis using commercially available phosphoramidites #2: DNA鎖 | 分子量: 3052.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Solid-phase DNA synthesis using commercially available phosphoramidites #3: タンパク質 | 分子量: 47931.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (サーマス・アクアティカス) 株: YT1 / 遺伝子: taqIM / プラスミド: PA1/MTAQ-A49A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2267 / 参照: UniProt: P14385, Damメチラーゼ #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 3 microliters crystallization buffer (10mM Tris/HCl, 300mM NaCl, pH 7.3) containing the complex plus 1 microliter reservoir solution (100mM KCl, 100mM MgCl2, 6% isopropanol, 50mM sodium ...詳細: 3 microliters crystallization buffer (10mM Tris/HCl, 300mM NaCl, pH 7.3) containing the complex plus 1 microliter reservoir solution (100mM KCl, 100mM MgCl2, 6% isopropanol, 50mM sodium cacodylate, pH 6.0), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月13日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→19.67 Å / Num. all: 36601 / Num. obs: 36299 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.69 % / Biso Wilson estimate: 25.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 9.33 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 4.63 / Num. unique all: 4175 / Rsym value: 0.334 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1G38 解像度: 2.4→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 8.906 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.856 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.403→2.465 Å / Total num. of bins used: 20
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