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Yorodumi- PDB-2hyx: Structure of the C-terminal domain of DipZ from Mycobacterium tub... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2hyx | ||||||
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Title | Structure of the C-terminal domain of DipZ from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Components | Protein dipZ | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Thioredoxin fold / Jelly-roll / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / PSI-2 / Protein Structure Initiative | ||||||
Function / homology | Function and homology information cytochrome complex assembly / antioxidant activity / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / MAD / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Goldstone, D. / Baker, E.N. / Metcalf, P. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure of the C-terminal domain of DipZ from Mycobacterium tuberculosis Authors: Goldstone, D. / Baker, E.N. / Metcalf, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2hyx.cif.gz | 267.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2hyx.ent.gz | 221.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2hyx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hyx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hyx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 38017.434 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: C-terminal domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Strain: H37Rv / Gene: dipZ / Plasmid: pProEx-Hta / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) pRIL / References: UniProt: Q10801, UniProt: P9WG63*PLUS #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 53.12 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 20% PEG4000, 0.1M Na-Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.9797 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 22, 2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Av σ(I) over netI: 10.7 / Number: 468976 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Χ2: 1.12 / D res high: 2.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 63483 / % possible obs: 99.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.9→30 Å / Num. all: 126251 / Num. obs: 126251 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.107 / Net I/σ(I): 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing dm | FOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.62 / Reflection: 63370 / Reflection acentric: 57914 / Reflection centric: 5456 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.9→30 Å / FOM work R set: 0.862 / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 45.036 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 24.686 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50
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Xplor file |
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