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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cyy | ||||||
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タイトル | Structure of the C-terminal domains of DipZ from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
要素 | Protein DipZ | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Thioredoxin (チオレドキシン) / Carbohydrate binding module / Redox (酸化還元反応) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project / XMTB | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Goldstone, D.C. / Metcalf, P. / Baker, E.N. / Mycobacterium Tuberculosis Structural Proteomics Project (XMTB) | ||||||
資金援助 | ニュージーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016 タイトル: Structure of the ectodomain of the electron transporter Rv2874 from Mycobacterium tuberculosis reveals a thioredoxin-like domain combined with a carbohydrate-binding module. 著者: Goldstone, D.C. / Metcalf, P. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cyy.cif.gz | 260.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cyy.ent.gz | 216.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cyy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/5cyy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39032.441 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 361-695 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: dipZ, Rv2874, MTCY274.05 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WG63 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.11 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG4000, 0.1M Na-citrate pH 5.6 / PH範囲: 5.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→99 Å / Num. obs: 73550 / % possible obs: 90.1 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.135 / Χ2: 1.327 / Net I/av σ(I): 12.602 / Net I/σ(I): 7.8 / Num. measured all: 302594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→42.393 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 92.75 Å2 / Biso mean: 34.3823 Å2 / Biso min: 15 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→42.393 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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