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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2hy3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the human tyrosine receptor phosphate gamma in complex with vanadate | ||||||
要素 | Receptor-type tyrosine-protein phosphatase gamma | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / twisted mixed beta-sheets flanked by {alpha}-helices / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of epithelial cell migration / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / 脱リン酸化 / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / extracellular exosome / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Jin, X. / Min, T. / Bera, A. / Mu, H. / Sauder, J.M. / Freeman, J.C. / Reyes, C. / Smith, D. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. ...Jin, X. / Min, T. / Bera, A. / Mu, H. / Sauder, J.M. / Freeman, J.C. / Reyes, C. / Smith, D. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Shapiro, L. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.STRUCT.FUNCT.GENOM. / 年: 2007 タイトル: Structural genomics of protein phosphatases. 著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. ...著者: Almo, S.C. / Bonanno, J.B. / Sauder, J.M. / Emtage, S. / Dilorenzo, T.P. / Malashkevich, V. / Wasserman, S.R. / Swaminathan, S. / Eswaramoorthy, S. / Agarwal, R. / Kumaran, D. / Madegowda, M. / Ragumani, S. / Patskovsky, Y. / Alvarado, J. / Ramagopal, U.A. / Faber-Barata, J. / Chance, M.R. / Sali, A. / Fiser, A. / Zhang, Z.Y. / Lawrence, D.S. / Burley, S.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2hy3.cif.gz | 121.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2hy3.ent.gz | 100 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2hy3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hy3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hy/2hy3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1rxdC 2fh7C 2g59C 2hcmC 2hhlC 2hxpC 2i0oC 2i1yC 2i44C 2iq1C 2irmC 2isnC 2nv5C 2oycC 2p27C 2p4uC 2p69C 2p8eC 2pbnC 2q5eC 2qjcC 2r0bC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLY / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 826 - 1122 / Label seq-ID: 9 - 305
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36417.207 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 819-1130 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRG / プラスミド: pSGX4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P23470, プロテインチロシンホスファターゼ #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 12% PEG3350, 0.1M Tris, 0.3M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97891 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月16日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97891 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 24687 / Num. obs: 20061 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 89 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 25.526 / SU ML: 0.265 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.551 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→17 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2217 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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