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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g3x | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Transthyretin mutant I84S at acidic pH | ||||||
![]() | Transthyretin![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pasquato, N. / Folli, C. / Berni, R. / Zanotti, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Acidic pH-induced conformational changes in amyloidogenic mutant transthyretin. 著者: Pasquato, N. / Berni, R. / Folli, C. / Alfieri, B. / Cendron, L. / Zanotti, G. #1: ![]() タイトル: A comparative analysis of 23 structures of the amyloidogenic protein transthyretin 著者: Hornberg, A. / Eneqvist, T. / Olofsson, A. / Lundgren, E. / Sauer-Eriksson, A.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a tetramer, obtained by the dimer contained in the asymmetric unit for rotation around the crystallographic two-fold axis (-x,-y,z). |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 13751.280 Da / 分子数: 2 / 変異: I84S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.44 % |
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 15% PEG monomethyl ether, 0.1M ammonium sulphate, 50mM sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月12日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.58→32.32 Å / Num. all: 30436 / Num. obs: 30436 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.68 Å / 冗長度: 7.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.306 / % possible all: 99.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1F41 解像度: 1.58→32.32 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1594703.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: SHELXL-97 was also used as a refinement program. CNS was used in the final stages of refinement.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 69.0596 Å2 / ksol: 0.391385 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.58→32.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.58→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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