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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fwp | ||||||
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タイトル | Structure of PurE (N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase) H59N from the acidophilic bacterium Acetobacter aceti, bound to isocair | ||||||
要素 | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / acidophile / PurE / purine biosynthesis (プリン代謝) / isocair | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-(カルボキシアミノ)イミダゾールリボヌクレオチドムターゼ / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acetobacter aceti (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Starks, C.M. / Kappock, T.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Biochemical and Structural Studies of N(5)-Carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase from the Acidophilic Bacterium Acetobacter aceti. 著者: Constantine, C.Z. / Starks, C.M. / Mill, C.P. / Ransome, A.E. / Karpowicz, S.J. / Francois, J.A. / Goodman, R.A. / Kappock, T.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fwp.cif.gz | 79.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fwp.ent.gz | 58.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fwp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/2fwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/2fwp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18858.666 Da / 分子数: 2 / 変異: H59N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: purE / プラスミド: pET-23a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus / 参照: UniProt: Q2QJL3 #2: 化合物 | ChemComp-ICR / ( | #3: 化合物 | ChemComp-CIT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 22% PEG 4000, 190 mM ammonium acetate, 90 mM sodium citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 111 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月29日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 33580 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 24.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2687 / Rsym value: 0.298 / % possible all: 77.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1U11 解像度: 1.85→42.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 395803.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.1845 Å2 / ksol: 0.331806 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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