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- PDB-2fw6: Structure of PurE (N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fw6
タイトルStructure of PurE (N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase) mutant H59N from the acidophilic bacterium Acetobacter aceti, at pH 5.4
要素N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
キーワードLYASE (リアーゼ) / acidophile / PurE / purine biosynthesis (プリン代謝)
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(カルボキシアミノ)イミダゾールリボヌクレオチドムターゼ / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter aceti (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Starks, C.M. / Kappock, T.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Biochemical and Structural Studies of N(5)-Carboxyaminoimidazole Ribonucleotide Mutase from the Acidophilic Bacterium Acetobacter aceti.
著者: Constantine, C.Z. / Starks, C.M. / Mill, C.P. / Ransome, A.E. / Karpowicz, S.J. / Francois, J.A. / Goodman, R.A. / Kappock, T.J.
履歴
登録2006年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9093
ポリマ－37,7172
非ポリマー1921
水6,035335
1
A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,63812
ポリマ－150,8698
非ポリマー7684
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
Buried area32690 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area36710 Å2
手法PISA, PQS
2
A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,27624
ポリマ－301,73916
非ポリマー1,5378
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_653-x+1,y,-z-21
crystal symmetry operation6_563x,-y+1,-z-21
crystal symmetry operation7_553y,x,-z-21
crystal symmetry operation8_663-y+1,-x+1,-z-21
Buried area67310 Å2
ΔGint-325 kcal/mol
Surface area71490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.595, 98.595, 165.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase


分子量: 18858.666 Da / 分子数: 2 / 変異: H59N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acetobacter aceti (バクテリア) / 株: 1023 / 遺伝子: purE / プラスミド: pET-23a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus / 参照: UniProt: Q2QJL3
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 21% (w/v) PEG 4000 190 mM ammonium acetate 90 mM sodium citrate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 111 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月27日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 33762 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 36
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2779 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 80.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1u11

1u11


解像度: 1.85→42.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 389806.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.185 1625 4.9 %RANDOM
Rwork0.172 ---
obs0.172 32900 93.4 %-
all-33762 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.2034 Å2 / ksol: 0.357859 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å20 Å20 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3---3.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 13 335 2651
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.421.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.52
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.412.5
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 129 5.1 %
Rwork0.239 2403 -
obs-2532 73.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2citrate.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramcitrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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