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- PDB-2fon: X-ray crystal structure of LeACX1, an acyl-CoA oxidase from Lycop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fon
タイトルX-ray crystal structure of LeACX1, an acyl-CoA oxidase from Lycopersicon esculentum (tomato)
要素peroxisomal acyl-CoA oxidase 1A
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / peroxisomal beta-oxidation / FAD cofactor
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA oxidase activity / fatty acid beta-oxidation / FAD binding / ペルオキシソーム
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA oxidase, C-terminal / アシルCoAオキシダーゼ / Acyl-coenzyme A oxidase, N-terminal / アシルCoAオキシダーゼ / Acyl-coenzyme A oxidase N-terminal / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain ...Acyl-CoA oxidase, C-terminal / アシルCoAオキシダーゼ / Acyl-coenzyme A oxidase, N-terminal / アシルCoAオキシダーゼ / Acyl-coenzyme A oxidase N-terminal / Butyryl-Coa Dehydrogenase, subunit A; domain 1 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 2 / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 2 / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A, domain 3 / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
フラビンアデニンジヌクレオチド / Acyl-coenzyme A oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum lycopersicum (トマト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Garavito, R.M. / Powers, R.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure determination and analysis of acyl-CoA oxidase (ACX1) from tomato.
著者: Powers, R.A. / Rife, C.L. / Schilmiller, A.L. / Howe, G.A. / Garavito, R.M.
履歴
登録2006年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peroxisomal acyl-CoA oxidase 1A
B: peroxisomal acyl-CoA oxidase 1A
C: peroxisomal acyl-CoA oxidase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,9926
ポリマ－229,6363
非ポリマー2,3573
水64936
1
A: peroxisomal acyl-CoA oxidase 1A
B: peroxisomal acyl-CoA oxidase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6624
ポリマ－153,0902
非ポリマー1,5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13610 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area46950 Å2
手法PISA
2
C: peroxisomal acyl-CoA oxidase 1A
ヘテロ分子

C: peroxisomal acyl-CoA oxidase 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,6624
ポリマ－153,0902
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.200, 240.330, 89.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a homodimer. The asymmetric unit contains the biological assembly (homodimer) and a single monomer for a total of three molecules.

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要素

#1: タンパク質 peroxisomal acyl-CoA oxidase 1A


分子量: 76545.242 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum lycopersicum (トマト) / 遺伝子: ACX1A / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5D8D3, アシルCoAオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / フラビンアデニンジヌクレオチド


分子量: 785.550 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 7% PEG 6000, 100 mM Tris, 1 mM acetyl-CoA, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 32-ID11
シンクロトロンAPS 32-ID21
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年2月28日
MARRESEARCH2CCD2004年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 64138 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 50.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID
2.7-2.7799.80.37447041.0851
2.77-2.8499.90.3147601.1341
2.84-2.9399.90.24947301.091
2.93-3.0299.90.21347151.0841
3.02-3.1399.80.18247311.0461
3.13-3.2599.60.15447641.0081
3.25-3.499.60.12947391.041
3.4-3.5870.40.12833371.0681
3.58-3.870.50.09933861.0131
3.8-4.198.60.07847111.0191
4.1-4.51990.06847800.9931
4.51-5.1699.30.06248211.0071
5.16-6.4999.40.13948551.0691
6.49-3099.70.07851051.0131

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.74→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 24.049 / SU ML: 0.254 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.578 / ESU R Free: 0.379 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 3221 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.214 ---
obs-63839 92.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.83 Å20 Å20 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3---2.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14754 0 159 36 14949
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02215247
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8631.95520755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.59551960
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.47223.707642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.783152309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8891590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.22309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2510.27273
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.210521
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.59896
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.254215393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16336344
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4484.55362
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.811 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 158 -
Rwork0.229 3239 -
obs-3397 67.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7562-0.6573-1.1761.80840.32694.57710.22330.2374-0.2075-0.1195-0.16920.124-0.3069-0.5479-0.0541-0.1550.1951-0.0213-0.1778-0.003-0.3593-10.634355.2346-38.0319
22.27010.6387-1.2791.3772-0.09524.136-0.0266-0.5034-0.10430.2608-0.0649-0.0228-0.17110.4260.0915-0.1236-0.146-0.0712-0.0030.0004-0.408427.190952.3703-6.7519
35.8981-4.1403-2.11117.98052.03228.01510.32180.35450.5448-0.2273-0.017-0.3139-0.24350.2595-0.30490.40740.11560.18310.50770.10860.4694-38.99612.0999-70.7956
44.1594-0.8937-0.81452.8368-0.48062.64-0.02890.0775-0.28670.3620.08570.6677-0.2848-0.7056-0.0569-0.18790.16020.13750.0051-0.0409-0.2743-22.186953.074-16.8709
53.9110.8537-1.12262.25290.08932.62250.0416-0.4931-0.2316-0.08020.0443-0.3689-0.2270.8272-0.0859-0.2542-0.14420.002-0.05260.0709-0.389438.392349.6521-27.8986
69.4277-1.2810.84672.37310.28995.41050.56330.67110.2946-0.17380.0149-0.1902-0.02550.3401-0.57820.56660.53360.13220.4619-0.17050.373-30.8657-10.3163-68.3251
70.89660.9383-0.92982.6701-0.54232.20390.11180.0339-0.20040.0901-0.07430.5858-0.051-0.4407-0.0375-0.28860.0549-0.0045-0.3374-0.0434-0.1869-2.015833.5403-32.7209
80.5714-0.9029-0.96732.87820.88692.07760.0313-0.4001-0.27820.1356-0.0105-0.32490.01640.3982-0.0208-0.2388-0.012-0.0015-0.21020.1418-0.259416.178131.9523-12.8969
92.5959-1.60792.22521.9255-1.32233.28870.7531.15830.1667-0.4271-0.3418-0.3346-0.02410.5259-0.41130.3140.39040.2590.25410.07190.3506-49.91468.5873-50.0588
102.07430.3498-0.58972.0733-0.30331.782-0.0350.0931-0.6591-0.0231-0.08430.24950.2315-0.24140.1192-0.28650.0445-0.016-0.4215-0.0535-0.16551.810226.0286-33.5246
111.8347-0.617-0.33132.03270.25071.8113-0.0724-0.3281-0.61760.2761-0.02480.06540.28340.13350.0971-0.2474-0.02770.0313-0.27170.181-0.213511.239125.1256-12.4488
122.5286-1.32740.86722.6525-0.85471.40540.38260.44250.3229-0.1874-0.0359-0.1759-0.32210.0308-0.34660.2230.34440.21220.03360.04660.3841-53.50779.9665-42.2972
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA29 - 13048 - 149
22BB29 - 13048 - 149
33CC29 - 13048 - 149
44AA131 - 272150 - 291
55BB131 - 272150 - 291
66CC131 - 272150 - 291
77AA273 - 446292 - 465
88BB273 - 446292 - 465
99CC273 - 446292 - 465
1010AA447 - 650466 - 669
1111BB447 - 650466 - 669
1212CC447 - 650466 - 669

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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