PDB-2flm: Human transthyretin (TTR) complexed with bivalant amyloid inhibit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2flm

タイトル

Human transthyretin (TTR) complexed with bivalant amyloid inhibitor (6 carbon linker)

要素

Transthyretin

トランスサイレチン

キーワード

HORMONE/GROWTH FACTOR / TTR /

AMYLOID (アミロイド) /

TRANSTHYRETIN (トランスサイレチン) / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events /

thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / Non-integrin membrane-ECM interactions / purine nucleobase metabolic process / Retinoid metabolism and transport /

hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Palaninathan, S.K. / Kelly, J.W. / Sacchettini, J.C.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2003
タイトル: Synthesis and characterization of potent bivalent amyloidosis inhibitors that bind prior to transthyretin tetramerization.
著者: Green, N.S. / Palaninathan, S.K. / Sacchettini, J.C. / Kelly, J.W.

履歴

登録	2006年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2flm.cif.gz	62.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2flm.ent.gz	45.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2flm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/2flm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/2flm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fbrC 1bmzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i85-1 6e73-1 6fft-1 6txw-1 4tne-1 4pwh-1 4act-1 1dvz-1 4tls-1 1sok-1 4dew-1 4ac2-1 6r6i-1 5h0x-1 4n86-1 5u4b-1 5u4g-1 4wo0-1 3cft-1 1y1d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (10) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (10)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

A: Transthyretin

B: Transthyretin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.776, 84.605, 65.732
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- 6CA
2	1	A-201- 6CA
3	1	A-201- 6CA
4	1	A-201- 6CA
5	1	A-201- 6CA
6	1	A-201- 6CA
7	1	A-201- 6CA
8	1	A-287- HOH
9	1	B-205- HOH

#1: タンパク質	Transthyretin / トランスサイレチン / Prealbumin / TBPA / TTR / ATTR 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PHNTR, PKNTR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02766
#2: 化合物	ChemComp-6CA / 4'-{6-[4-(2-CARBOXYPHENYLAMINO)-PHENOXY]-HEXYLOXY}-BIPHENYL-4-CARBOXYLIC ACID / 4′-[6-[4-(2-カルボキシフェニルアミノ)フェノキシ]ヘキシルオキシ]ビフェニル-4-カルボン酸分子量: 525.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₁NO₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月11日
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→22.19 Å / Num. all: 29034 / Num. obs: 29034 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 1.645→1.688 Å / % possible all: 93.92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BMZ

1bmz

解像度: 1.65→22.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 2.086 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23396	2894	10 %	RANDOM
R_work	0.19806	-	-	-
all	0.20167	29034	-	-
obs	0.20167	26140	97.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→22.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1768	0	39	184	1991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.297	1.964	2546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.975	3	3923
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.733	5	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.198	23.684	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.438	15	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.589	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.02	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	373
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.227	0.2	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.189	0.2	894
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.099	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.253	0.2	84
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.358	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.146	1.5	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.534	1.5	461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.596	2	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.044	3	850
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.597	4.5	687
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.645→1.688 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	211	-
R_work	0.263	1797	-
obs	-	-	93.92 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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