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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fl4 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of the spermine/spermidine acetyltransferase from Enterococcus faecalis | ||||||
要素 | spermine/spermidine acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Spermine/spermidine acetyltransferase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, R. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of the spermine/spermidine acetyltransferase from Enterococcus faecalis 著者: Zhang, R. / Zhou, M. / Moy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fl4.cif.gz | 77.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fl4.ent.gz | 58.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fl4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/2fl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fl/2fl4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | This protein existed as dimer. The second part of the biological assembly is generated by 1-x,1-y,z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17470.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: GI:29343124 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 29343124, UniProt: Q836M4*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M Sodium Acetate, 3M Sodium Chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 287K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9798 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→39.2 Å / Num. all: 20514 / Num. obs: 19993 / % possible obs: 97.46 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1480 / % possible all: 78.44 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→39.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.238 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.108 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.959 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→39.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
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