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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fgj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the ABC-cassette H662A mutant of HlyB with bound ATP | ||||||
要素 | Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein hlyB | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / ABC-transporter / ATPase (ATPアーゼ) / composite dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein secretion by the type I secretion system / type I protein secretion system complex / : / toxin transmembrane transporter activity / secretion by cell / ABC-type transporter activity / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Zaitseva, J. / Oswald, C. / Jumpertz, T. / Jenewein, S. / Holland, I.B. / Schmitt, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2006 タイトル: A structural analysis of asymmetry required for catalytic activity of an ABC-ATPase domain dimer. 著者: Zaitseva, J. / Oswald, C. / Jumpertz, T. / Jenewein, S. / Wiedenmann, A. / Holland, I.B. / Schmitt, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2fgj.cif.gz | 199.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2fgj.ent.gz | 160.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2fgj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fg/2fgj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27685.781 Da / 分子数: 4 / 断片: amino acids 467-707 / 変異: H662A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: hlyB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P08716 #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.81 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: sodium malonate, PEG 5500-MME, sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 25379 / Num. obs: 24465 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 10.2 % / Rsym value: 0.057 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.65 Å / Rsym value: 0.193 / % possible all: 93.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1XEF 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 29.43 / SU ML: 0.336 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.2 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.404 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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