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万見
- PDB-2ff0: Solution Structure of Steroidogenic Factor 1 DNA Binding Domain B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ff0
タイトルSolution Structure of Steroidogenic Factor 1 DNA Binding Domain Bound to its Target Sequence in the Inhibin alpha-subunit Promoter
要素
  • CTGTGGCCCTGAGCC
  • GGCTCAGGGCCACAG
  • Steroidogenic factor 1
キーワードHormone/Growth factor/DNA / Nuclear Hormone Receptor (核内受容体) / Protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / Monomeric Receptor-DNA complex / Hormone-Growth factor-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / reproductive process / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of female gonad development / Nuclear Receptor transcription pathway / sex determination / positive regulation of male gonad development / 黄体期 / calcineurin-mediated signaling ...response to gonadotropin-releasing hormone / Sertoli cell differentiation / reproductive process / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of female gonad development / Nuclear Receptor transcription pathway / sex determination / positive regulation of male gonad development / 黄体期 / calcineurin-mediated signaling / tissue development / Leydig cell differentiation / male sex determination / maintenance of protein location in nucleus / hormone metabolic process / adrenal gland development / female gonad development / hormone-mediated signaling pathway / transcription coregulator binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / phospholipid binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Nuclear hormone receptor family 5 / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Nuclear hormone receptor family 5 / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Steroidogenic factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / Simulated annealing, cartesian molecular dynamics
データ登録者Little, T.H. / Zhang, Y. / Matulis, C.K. / Weck, J. / Zhang, Z. / Ramachandran, A. / Mayo, K.E. / Radhakrishnan, I.
引用ジャーナル: Mol.Endocrinol. / 年: 2006
タイトル: Sequence-specific deoxyribonucleic Acid (DNA) recognition by steroidogenic factor 1: a helix at the carboxy terminus of the DNA binding domain is necessary for complex stability.
著者: Little, T.H. / Zhang, Y. / Matulis, C.K. / Weck, J. / Zhang, Z. / Ramachandran, A. / Mayo, K.E. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2005年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX AUTHOR DETERMINED HELIX RECORDS BASED ON PROCHECK OUTPUT OF ENTIRE NMR ENSEMBLE

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: GGCTCAGGGCCACAG
C: CTGTGGCCCTGAGCC
A: Steroidogenic factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2045
ポリマ－21,0733
非ポリマー1312
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 200lowest restraint energies, restraint violations, and RMS deviations from ideal covalent geometry
代表モデルモデル #1best captures the intermolecular interactions observed in the ensemble

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要素

#1: DNA鎖 GGCTCAGGGCCACAG


分子量: 4620.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Inhibin Alpha-Subunit Promoter / 由来タイプ: 合成
詳細: The DNA sequence was synthesized via automated methods
#2: DNA鎖 CTGTGGCCCTGAGCC


分子量: 4561.947 Da / 分子数: 1 / 断片: Inhibin Alpha-Subunit Promoter / 由来タイプ: 合成
詳細: The DNA sequence was synthesized via automated methods
#3: タンパク質 Steroidogenic factor 1 / / STF-1 / SF-1 / Adrenal 4 binding protein / Steroid hormone receptor Ad4BP / Fushi tarazu factor ...STF-1 / SF-1 / Adrenal 4 binding protein / Steroid hormone receptor Ad4BP / Fushi tarazu factor homolog 1 / Embryonal LTR binding protein / ELP / Embryonal long terminal repeat- binding protein / Steroid hydroxylase positive regulator


分子量: 11890.955 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr5a1, Ftzf1 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P33242
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D aliphatic 13C-separated NOESY
1323D aromatic 13C-separated NOESY
1422D 15N,13C-double-half-filtered NOESY
1532D 15N,13C-double-half-filtered NOESY
1623D 13C-filtered 13C-edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-15N-steroidogenic factor 1 DBD:NA-duplex DNA complex90% H2O/10% D2O
2U-15N,U-13C-steroidogenic factor 1 DBD:NA-duplex DNA complex90% H2O/10% D2O
3U-15N,U-13C-steroidogenic factor 1 DBD:NA-duplex DNA complex100% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM Tris acetate, 50 uM ZnCl2, 2 mM DTT, 1% glycerol
pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Felix98Accelrys Inc解析
ARIA1.2Nilges et al.精密化
CNS1.1Brunger et al.精密化
VNMR6.1Varian Inccollection
精密化手法: Simulated annealing, cartesian molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: best captures the intermolecular interactions observed in the ensemble
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest restraint energies, restraint violations, and RMS deviations from ideal covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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