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Yorodumi- PDB-3m5n: Crystal structure of HCV NS3/4A protease in complex with N-termin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3m5n | ||||||
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Title | Crystal structure of HCV NS3/4A protease in complex with N-terminal product 4B5A | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HCV / Hepatitis C Virus / NS3 / protease / drug resistance / serine protease / chimera protein / fusion protein / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / : / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / : / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Hepatitis C virus subtype 1a | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Schiffer, C.A. / Romano, K.P. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2010 Title: Drug resistance against HCV NS3/4A inhibitors is defined by the balance of substrate recognition versus inhibitor binding. Authors: Romano, K.P. / Ali, A. / Royer, W.E. / Schiffer, C.A. | ||||||
History |
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Remark 999 | The cofactor 4A residues 990-1000(GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) in this entry ...The cofactor 4A residues 990-1000(GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) in this entry correspond to residues numbering 1678-1688 of database sequence reference (UNP A8DG50). This peptide is covalently linked to the N-terminus of NS3. C1679S mutation was engineered to prevent disulfide formation. The V1686I and I1687N were engineered to optimize the linker between the cofactor 4A and NS3. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3m5n.cif.gz | 178.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3m5n.ent.gz | 142.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3m5n.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/3m5n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/3m5n | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 21487.330 Da / Num. of mol.: 4 Fragment: NS4A (UNP residues 1678-1688), NS3 (UNP residues 1027-1657) Mutation: A1027S, P1028G, I1029D, L1039E, L1040E, I1043Q, I1044E, L1047Q, A1066T, C1073S, C1078L, I1098T, P1112Q, S1165A, C1185S, C1679S, V1686I, I1687N Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The protein crystallized is a single-chain construct of protease domain of hepatitis C virus NS3/4A, with cofactor 4A covalently linked at the N-terminus. Source: (gene. exp.) Hepatitis C virus subtype 1a / Strain: genotype 1a BID-V318 / Gene: NS3 / Plasmid: pET28a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A8DG50, hepacivirin #2: Protein/peptide | Mass: 739.815 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: residues 1966-1972 / Source method: obtained synthetically / Details: N-terminal product 4B5A / Source: (synth.) Hepatitis C virus subtype 1a / References: UniProt: B3TKQ3 #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.19 Å3/Da / Density % sol: 43.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 100mM MES buffer pH 6.5, 4% (w/v) ammonium sulfate, 20-26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 14-ID-B / Wavelength: 1.033 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si (111) double-crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. obs: 59622 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 3.6 % / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.97 Å / Redundancy: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.177 / Rsym value: 0.354 / % possible all: 98.9 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 7.702 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.165 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.156 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.67 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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