PDB-2f6m: Structure of a Vps23-C:Vps28-N subcomplex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f6m

タイトル

Structure of a Vps23-C:Vps28-N subcomplex

要素

Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease
Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28液胞

キーワード

TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) /

endosomes (エンドソーム) / trafficking complex /

Vps23 /

Vps28 /

Vacuole Protein Sorting (液胞) /

ESCRT protein complexes (ESCRT) / Endosomal Sorting Complex Required for Transport /

ESCRT-I (ESCRT) /

Ubiquitin (ユビキチン) /

TSG101

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of protein polyubiquitination /

ESCRT I complex / ATP export / protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / protein targeting to vacuole / late endosome to vacuole transport / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / reticulophagy / protein targeting to membrane / endosome to lysosome transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kostelansky, M.S. / Lee, S. / Kim, J. / Hurley, J.H.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2006
タイトル: Structural and functional organization of the ESCRT-I trafficking complex.
著者: Kostelansky, M.S. / Sun, J. / Lee, S. / Kim, J. / Ghirlando, R. / Hierro, A. / Emr, S.D. / Hurley, J.H.

履歴

登録	2005年11月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2f6m.cif.gz	83.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2f6m.ent.gz	65.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2f6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2f66C 1u5t 1uzx 1w7p 1xb4 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5xgr-2 5xgr-6 5ond-2 5xgr-4 5ien-d 5k38-2 2psm-2 2rq6-d 2hxd-d 6m4u-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease

B: Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28

C: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease

D: Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28

ヘテロ分子

41.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease

B: Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease

D: Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.239, 119.252, 125.391
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

詳細

the asymmetric unit contains two units. complex 1 = chains A,B and complex 2 = chains C,D

#1: タンパク質	Suppressor protein STP22 of temperature-sensitive alpha-factor receptor and arginine permease / Vacuolar protein sorting-associated protein VPS23 分子量: 7550.657 Da / 分子数: 2 / 断片: Vps23C-terminal domain (322-385) / 変異: C344A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: STP22, VPS23 / プラスミド: pST39 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: P25604
#2: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein VPS28 / 液胞分子量: 12533.921 Da / 分子数: 2 / 断片: Vps28N-terminal domain (13-118) / 変異: C101A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: VPS28, VPT28 / プラスミド: pST39 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: Q02767
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-DDQ / DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE / デシルジメチルアミンオキシド分子量: 201.349 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₇NO
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 5mg/ml protein solution containing 40 mM TRIS pH 7.4, 120 mM NaCl, and 20 mM DDAO was mixed with equal volume of crystallant containing 13% PEG 3350, 200 mM MgCl2 and 20% glycerol., VAPOR ...詳細: 5mg/ml protein solution containing 40 mM TRIS pH 7.4, 120 mM NaCl, and 20 mM DDAO was mixed with equal volume of crystallant containing 13% PEG 3350, 200 mM MgCl2 and 20% glycerol., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.83 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 5mg/ml protein solution containing 40 mM TRIS pH 7.4, 120 mM NaCl, and 20 mM DDAO was mixed with equal volume of crystallant containing 13% PEG 3350, 200 mM MgCl2 and 20% glycerol., VAPOR ...

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	0.9190, 0.9800
シンクロトロン	APS	22-ID	2	0.9795

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARRESEARCH	1	CCD	2005年6月11日
MARRESEARCH	2	CCD	2005年7月29日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.919	1
2	0.98	1
3	0.9795	1

反射

解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 26400 / Num. obs: 25067 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.1 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 20.5

反射シェル

解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2309 / R_sym value: 0.285 / % possible all: 87.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→19.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 10.451 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26096	1332	5 %	RANDOM
R_work	0.24065	-	-	-
obs	0.24168	25067	100 %	-
all	-	26400	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.108 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2760	0	113	40	2913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	2909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.946	1.985	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.907	5	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.978	25.034	145
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.436	15	518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.56	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.292	0.2	2031
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.408	1.5	1741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.675	2	2746
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.106	3	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.797	4.5	1172

LS精密化シェル

解像度: 2.103→2.157 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	74	-
R_work	0.234	1477	-
obs	-	1477	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5788	-4.4225	0.7638	9.3596	-2.2709	2.5266	0.03	0.0479	0.0581	0.1603	-0.0633	-0.1378	-0.1257	0.1854	0.0333	-0.3321	-0.0605	-0.0205	-0.228	-0.0274	-0.2364	18.2261	10.6247	52.0683
2	15.5515	-4.8693	-16.2147	4.2162	2.7791	18.8679	0.5479	-0.5422	1.1625	-0.556	0.4401	0.1423	-1.1025	0.5872	-0.988	0.0361	0.0623	-0.0047	-0.1666	-0.0439	0.013	9.9026	28.0668	45.8802
3	5.9737	-6.0036	7.1235	11.2751	-9.0867	15.82	0.2246	0.2059	-0.0657	-0.5289	-0.2055	-0.4812	0.1316	0.7685	-0.0191	-0.277	-0.0127	0.0834	-0.0792	-0.0261	-0.1442	28.3608	9.3302	44.5775
4	7.8127	-5.462	2.9255	19.7429	-13.4583	19.7396	-0.2548	-0.0863	-0.6231	-0.3806	-0.0512	-1.0455	1.0006	1.2081	0.306	-0.1421	0.2385	0.1108	0.2656	-0.0759	0.1156	35.5161	-1.042	44.9846
5	5.58	-2.6785	-4.7509	14.8043	0.2914	38.0133	0.7575	0.8814	0.6946	-2.4435	-0.513	-2.4965	-1.8858	3.1111	-0.2445	0.4542	-0.2551	0.3259	0.6068	0.0443	0.3861	31.3092	20.675	39.92
6	15.3539	-14.9692	-6.1662	20.0954	6.6111	9.4966	0.0422	-0.1592	0.5967	0.193	-0.0571	-1.0683	-0.518	1.0353	0.0149	-0.2086	-0.1397	-0.0431	0.1861	-0.0254	0.0692	35.2073	12.7048	52.0626
7	3.8355	-3.1591	0.5915	6.4748	-0.6674	2.7779	0.0359	0.1108	0.0375	-0.2389	0.0484	0.1432	0.5459	-0.0721	-0.0844	-0.1978	-0.09	-0.0539	-0.242	-0.0049	-0.2488	11.3241	-7.8005	53.5996
8	4.5956	-2.2186	9.1282	3.2114	-4.2541	18.1419	0.0671	0.1857	-0.3668	0.2742	0.5798	-0.3736	1.2881	0.4104	-0.647	0.6092	0.1833	-0.0758	-0.0418	-0.0685	-0.0531	21.3843	-24.5746	48.8428
9	7.5717	-9.8722	-7.5867	18.2028	9.3664	8.9853	0.2033	0.2268	-0.0856	-0.6085	-0.243	0.7055	0.1123	-0.4004	0.0397	-0.1321	-0.1605	-0.1665	-0.0483	-0.0161	-0.1241	2.5497	-8.9243	45.1588
10	9.211	-7.5952	-1.456	22.7941	11.5338	12.7086	0.6427	0.6852	-0.1276	-0.9094	-0.8644	1.1532	0.0813	-0.8687	0.2217	-0.1938	-0.0457	-0.1766	0.1561	0.0462	0.0553	-5.445	0.449	43.0393
11	55.4095	-9.5753	23.6321	76.4833	-36.4123	68.7047	-0.1656	-1.6757	-1.1076	-4.1032	1.2941	-0.1648	2.0932	-1.2013	-1.1285	0.5024	-0.0581	-0.0165	0.4203	-0.1694	0.4884	1.3471	-20.707	35.0853
12	27.5172	-12.8321	5.9632	15.3691	-0.2969	10.9556	0.2221	0.2593	-1.1648	-0.4079	-0.3282	2.4516	0.5634	-1.7988	0.1061	0.2816	-0.3459	-0.0106	0.3771	-0.0203	0.3396	-4.5296	-14.7089	49.657

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	321 - 385	1 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	12 - 30	3 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	31 - 58	22 - 49
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	59 - 82	50 - 73
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	83 - 100	74 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	101 - 118	92 - 109
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	321 - 383	1 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	16 - 30	7 - 21
9	X-RAY DIFFRACTION	9	D	D	31 - 58	22 - 49
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	59 - 82	50 - 73
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	83 - 93	74 - 84
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	94 - 117	85 - 108

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)