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- PDB-2exg: Making Protein-Protein Interactions Drugable: Discovery of Low-Mo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2exg
タイトルMaking Protein-Protein Interactions Drugable: Discovery of Low-Molecular-Weight Ligands for the AF6 PDZ Domain
要素Afadin
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Inhibitors of protein-protein interactions / low-molecular-weight ligands / protein structure (タンパク質構造) / NMR screening / PDZ domains
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / establishment of protein localization to plasma membrane / establishment of endothelial intestinal barrier / positive regulation of cell-cell adhesion / pore complex assembly / cell-cell adhesion mediated by cadherin / bicellular tight junction assembly / cell-cell contact zone / Adherens junctions interactions / 密着結合 ...positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / establishment of protein localization to plasma membrane / establishment of endothelial intestinal barrier / positive regulation of cell-cell adhesion / pore complex assembly / cell-cell adhesion mediated by cadherin / bicellular tight junction assembly / cell-cell contact zone / Adherens junctions interactions / 密着結合 / pore complex / cell adhesion molecule binding / negative regulation of cell migration / 接着結合 / small GTPase binding / regulation of protein localization / actin filament binding / cell-cell junction / cell-cell signaling / 細胞結合 / 細胞接着 / nuclear speck / cadherin binding / positive regulation of gene expression / シグナル伝達 / 核質 / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
: / Afadin, cargo binding domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain ...: / Afadin, cargo binding domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras-associating (RA) domain / Forkhead associated domain / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / PDZドメイン / Pdz3 Domain / PDZドメイン / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Torsional angle dynamics
データ登録者Joshi, M. / Vargas, C. / Boisguerin, P. / Krause, G. / Schade, M. / Oschkinat, H.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2006
タイトル: Discovery of low-molecular-weight ligands for the AF6 PDZ domain.
著者: Joshi, M. / Vargas, C. / Boisguerin, P. / Diehl, A. / Krause, G. / Schmieder, P. / Moelling, K. / Hagen, V. / Schade, M. / Oschkinat, H.
履歴
登録2005年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Afadin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6842
ポリマ－10,3931
非ポリマー2911
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Afadin / / AF-6 protein


分子量: 10392.987 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain (residues 985-1079) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55196
#2: 化合物 ChemComp-STF / (5R)-2-SULFANYL-5-[4-(TRIFLUOROMETHYL)BENZYL]-1,3-THIAZOL-4-ONE


分子量: 291.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H8F3NOS2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
2223D 13C-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM PDZ domain U-15N, 20mM phosphate buffer, 50mM Sodium chloride, 90%H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mM PDZ domain U-15N, 13C, 1.5 mM 5f, 20mM phosphate buffer, 50mM Sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120 mM Phosphate, 50 mM NaCl 6.5 Ambient 295 K
220 mM Phosphate, 50 mM NaCl 6.5 Ambient 295 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DIANA1.0.6Guentert, P.構造決定
XwinNMR3.5Brukercollection
XwinNMR3.5Bruker解析
Sparky3.1Goddard and Knellerデータ解析
DIANA1.0.6Guentert, P.精密化
精密化手法: Torsional angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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