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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kn5 | ||||||
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タイトル | SOLUTION STRUCTURE OF ARID DOMAIN OF ADR6 FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE | ||||||
要素 | Transcription regulatory protein ADR6 | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / ADR6 / ARID domain / DNA-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of mating type switching / HDACs deacetylate histones / SWI/SNF complex / DNA-templated DNA replication / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II ...carbon catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / positive regulation of mating type switching / HDACs deacetylate histones / SWI/SNF complex / DNA-templated DNA replication / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Tu, X. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2001 タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments and secondary structure of ADR6 DNA-binding domain. 著者: Tu, X. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y. #1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2001 タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments and secondary structure of ADR6 DNA-binding domain 著者: Tu, X. / Wu, J. / Xu, Y. / Shi, Y. #2: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2000 タイトル: Expression and purification of a recombinant DNA-binding domain of ADR6 protein from Escherichia coli and its secondary structure characterization 著者: Tu, X. / Xiao, Y. / Zeng, W. / Shi, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1kn5.cif.gz | 46 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1kn5.ent.gz | 36.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1kn5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1kn5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/1kn5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1kkxC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14566.800 Da / 分子数: 1 / 断片: ARID domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: adr6 / プラスミド: pREP-4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P09547 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1MM ADR6 ARID DOMAIN U-15N, U-13C, 50MM PHOSPHATE BUFFER PH4.9, 90% H2O, 10%D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 50mM PHOSPHATE BUFFER / pH: 4.9 / 圧: ambient / 温度: 300 K |
結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz |
-解析
NMR software | 名称: CNS / バージョン: v 1.0 / 開発者: A.T. BRUNGER / 分類: 精密化 |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 |
代表構造 | 選択基準: minimized average structure |
NMRアンサンブル | 登録したコンフォーマーの数: 1 |