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万見
- PDB-2eq5: Crystal structure of hydantoin racemase from Pyrococcus horikoshii OT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2eq5
タイトルCrystal structure of hydantoin racemase from Pyrococcus horikoshii OT3
要素228aa long hypothetical hydantoin racemase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / racemase / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性racemase activity, acting on amino acids and derivatives / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / : / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / 228aa long hypothetical hydantoin racemase
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mizutani, H. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hydantoin racemase from Pyrococcus horikoshii OT3
著者: Mizutani, H. / Kunishima, N.
履歴
登録2007年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 228aa long hypothetical hydantoin racemase
B: 228aa long hypothetical hydantoin racemase
C: 228aa long hypothetical hydantoin racemase
D: 228aa long hypothetical hydantoin racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0764
ポリマ－100,0764
非ポリマー00
水8,017445
1
A: 228aa long hypothetical hydantoin racemase
B: 228aa long hypothetical hydantoin racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0382
ポリマ－50,0382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 228aa long hypothetical hydantoin racemase
D: 228aa long hypothetical hydantoin racemase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0382
ポリマ－50,0382
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.707, 152.707, 81.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質
228aa long hypothetical hydantoin racemase


分子量: 25019.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: O58781, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.1
詳細: 11.25% (w/v) PEG 8000, 0.5M Li2SO4, pH 4.1, microbatch, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
シンクロトロンSPring-8 BL26B120.979056
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS VII1IMAGE PLATE2004年11月4日
RIGAKU JUPITER 2102CCD2006年12月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2bending magnetSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.9790561
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 54955 / Num. obs: 54955 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 5.29 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2515254.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THIS IS A TWINNED STRUCTURE. THE TWINNING OPERATOR IS (H,K,L) -> (H,-H-K,-L) AND THE TWINNING FRACTION IS 0.334
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 2540 4.6 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.163 54807 --
obs0.16 54807 99.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.3742 Å2 / ksol: 0.34777 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å24.26 Å20 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6416 0 0 445 6861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.152
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.952.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 300 4.6 %
Rwork0.258 6537 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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