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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2dn9 | ||||||
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タイトル | Solution structure of J-domain from the DnaJ homolog, human Tid1 protein | ||||||
要素 | DnaJ homolog subfamily A member 3 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS (アポトーシス) / CHAPERONE (シャペロン) / DnaJ (Hsp40) / J-domain / Tid1 / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IkappaB kinase complex binding / type II interferon receptor binding / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / GTPase regulator activity / mitochondrial DNA replication / activation-induced cell death of T cells / small GTPase-mediated signal transduction / neuromuscular junction development / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway ...IkappaB kinase complex binding / type II interferon receptor binding / skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / GTPase regulator activity / mitochondrial DNA replication / activation-induced cell death of T cells / small GTPase-mediated signal transduction / neuromuscular junction development / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / response to type II interferon / mitochondrial nucleoid / NF-kappaB binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of T cell proliferation / Hsp70 protein binding / mitochondrion organization / positive regulation of protein ubiquitination / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / neuromuscular junction / cytoplasmic side of plasma membrane / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / 細胞老化 / unfolded protein binding / フォールディング / T cell differentiation in thymus / response to heat / postsynaptic membrane / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein stabilization / ミトコンドリアマトリックス / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Kobayashi, N. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of J-domain from the DnaJ homolog, human Tid1 protein 著者: Kobayashi, N. / Tomizawa, T. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2dn9.cif.gz | 468.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2dn9.ent.gz | 394.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2dn9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/2dn9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8782.624 Da / 分子数: 1 / 断片: J-domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free synthesis / 遺伝子: DNAJA3 / プラスミド: P050516-13 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q96EY1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.06mM J-domain U-13C, 15N; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |