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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2cce | ||||||
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タイトル | Parallel Configuration of pLI E20S | ||||||
要素 | General control protein GCN4 | ||||||
キーワード | FOUR HELIX BUNDLE / ANTIPARALLEL / PARALLEL / PLI / DNA-BINDING / NUCLEAR PROTEIN / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TRANSCRIPTION REGULATION / ACTIVATOR / AMINO-ACID BIOSYNTHESIS | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II ...protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Yadav, M.K. / Leman, L.J. / Price, D.J. / Brooks 3rd, C.L. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Coiled coils at the edge of configurational heterogeneity. Structural analyses of parallel and antiparallel homotetrameric coiled coils reveal configurational sensitivity to a single ...タイトル: Coiled coils at the edge of configurational heterogeneity. Structural analyses of parallel and antiparallel homotetrameric coiled coils reveal configurational sensitivity to a single solvent-exposed amino acid substitution. 著者: Yadav, M.K. / Leman, L.J. / Price, D.J. / Brooks 3rd, C.L. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2cce.cif.gz | 24 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2cce.ent.gz | 16.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2cce.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/2cce ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cc/2cce | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4030.802 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 249-281 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P03069 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % |
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結晶化 | pH: 0 / 詳細: 2M NACL, 10% PEG 6K, pH 0.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 7118 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→56.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 3.802 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. HIGH R-FREE BUT CONSISTENT WITH RELATED SEQUENCES IN SAME LATTICE. ELECTRON DENSITY MAPS ARE EXCELLENT.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.52 Å
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拘束条件 |
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