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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1uny | ||||||
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タイトル | Structure Based Engineering of Internal Molecular Surfaces Of Four Helix Bundles | ||||||
要素 | GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4 | ||||||
キーワード | FOUR HELIX BUNDLE / CAVITY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II ...protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / mediator complex binding / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / cellular response to amino acid starvation / RNA polymerase II transcription regulator complex / : / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / intracellular signal transduction / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yadav, M.K. / Redman, J.E. / Alvarez-Gutierrez, J.M. / Zhang, Y. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005 タイトル: Structure-Based Engineering of Internal Cavities in Coiled-Coil Peptides 著者: Yadav, M.K. / Redman, J.E. / Leman, L.J. / Alvarez-Gutierrez, J.M. / Zhang, Y. / Stout, C.D. / Ghadiri, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1uny.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1uny.ent.gz | 16.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1uny.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/1uny ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/un/1uny | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1untC 1unuC 1unvC 1unwC 1unxC 1unzC 1uo0C 1uo1C 1uo2C 1uo3C 1uo4C 1uo5C 1w5gC 1w5iC 2bniC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4016.731 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 合成 詳細: BASED ON SEQUENCE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE (BAKER'S YEAST) 由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P03069 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 2.5 M NACL, 100 MM NAAC, 200 MM LI2SO4, PH 4.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 114 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | 日付: 2002年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→26.3 Å / Num. obs: 4127 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 18.8 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→55.9 Å / SU B: 5.067 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.267
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.508 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→55.9 Å
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