+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2af5 | ||||||
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Title | 2.5A X-ray Structure of Engineered OspA protein | ||||||
Components | Engineered Outer Surface Protein A (OspA) with the inserted two beta-hairpins | ||||||
Keywords | De Novo Protein / Immune System / SINGLE-LAYER BETA-SHEET / BETA-HAIRPIN / REPEAT PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Borrelia burgdorferi (Lyme disease spirochete) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Makabe, K. / Mcelheny, D. / Tereshko, V. / Hilyard, A. / Koide, A. / Koide, S. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / Year: 2006 Title: Atomic structures of peptide self-assembly mimics. Authors: Makabe, K. / McElheny, D. / Tereshko, V. / Hilyard, A. / Gawlak, G. / Yan, S. / Koide, A. / Koide, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2af5.cif.gz | 69 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2af5.ent.gz | 50.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2af5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/2af5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/2af5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2fkgC 2fkjC 2hkdC 1ospS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32292.266 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Borrelia burgdorferi (Lyme disease spirochete) Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P14013, UniProt: P0CL66*PLUS |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.9 Å3/Da / Density % sol: 57 % |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 14-ID-B / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Oct 15, 2004 / Details: mirrors |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→30 Å / Num. all: 11367 / Num. obs: 14271 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 61.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 9.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1OSP Resolution: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 26.244 / SU ML: 0.255 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.631 / ESU R Free: 0.32 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.892 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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