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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2a71 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Emp47p carbohydrate recognition domain (CRD), orthorhombic crystal form | ||||||
要素 | Emp47p | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / BETA SANDWICH / CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / CARGO RECEPTOR / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carbohydrate derivative binding / fungal-type vacuole membrane / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / D-mannose binding / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Satoh, T. / Sato, K. / Kanoh, A. / Yamashita, K. / Kato, R. / Nakano, A. / Wakatsuki, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Structures of the carbohydrate recognition domain of Ca2+-independent cargo receptors Emp46p and Emp47p. 著者: Satoh, T. / Sato, K. / Kanoh, A. / Yamashita, K. / Yamada, Y. / Igarashi, N. / Kato, R. / Nakano, A. / Wakatsuki, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2a71.cif.gz | 180.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2a71.ent.gz | 144.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2a71.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/2a71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/2a71 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24819.447 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 7-227 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pGEX4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 854516, UniProt: P43555*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG4000, Ammonium acetate, Sodium cacodylate, Calcuim chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.9779 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9779 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 25245 / Num. obs: 22129 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2242 / % possible all: 90.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2A6Z 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / SU B: 14.811 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.432 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.969 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.7 Å / Num. reflection Rwork: 1537 / Total num. of bins used: 20 |