PDB-2a6b: Crystal structure of a putative transcriptional regulator of the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2a6b

タイトル

Crystal structure of a putative transcriptional regulator of the tena family (spr0628) from streptococcus pneumoniae r6 at 1.70 A resolution

要素

hypothetical protein spr0628

仮説

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

Structural genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG /

Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

aminopyrimidine aminohydrolase /

thiaminase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of (np_358222.1) from STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE R6 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年7月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_special_symmetry ...database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2a6b.cif.gz	59.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2a6b.ent.gz	46 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2a6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/2a6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/2a6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1z72-d 4q7x-d 4pyo-d 3iiq-d 6ydf-d 2zgv-d 3owv-d 16pk-d 3qfg-d 2xcn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 358745

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein spr0628

27.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein spr0628

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.908, 119.908, 47.105
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-224- HOH

#1: タンパク質	hypothetical protein spr0628 / 仮説分子量: 27338.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌) 生物種: Streptococcus pneumoniae肺炎レンサ球菌 / 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: np_358222.1 / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DQK6
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

hypothetical protein spr0628 /

仮説

分子量: 27338.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pneumoniae

肺炎レンサ球菌 / 株: ATCC BAA-255 / R6 / 遺伝子: np_358222.1 / プラスミド: HK100 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DQK6

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	3	58.65
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	詳細
273	1	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	o.2M LiCl, 20.0% PEG-3350, No Buffer pH 6.7, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K
273	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop	0.2M NH4OAc, 30.0% PEG-4000, 0.1M Citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 273K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	1	1
シンクロトロン	SSRL	BL1-5	2	0.918381, 0.978455, 0.978964, 1.033150

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 325 mm CCD	1	CCD	2005年6月1日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2005年5月5日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.918381	1
3	0.978455	1
4	0.978964	1
5	1.03315	1

反射

解像度: 1.7→29.98 Å / Num. obs: 38398 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / R_merge(I) obs: 0.089 / R_sym value: 0.089 / Net I/σ(I): 4.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
1.7-1.74	100	9.6	0.513	1.3	2808	0.513
1.74-1.79	100	9.6	0.426	1.7	2698	0.426
1.79-1.84	100	9.6	0.355	2	2645	0.355
1.84-1.9	100	9.6	0.262	2.8	2577	0.262
1.9-1.96	100	9.5	0.23	3	2504	0.23
1.96-2.03	100	9.6	0.187	3.8	2429	0.187
2.03-2.11	100	9.6	0.147	4.7	2325	0.147
2.11-2.19	100	9.6	0.134	5.2	2241	0.134
2.19-2.29	100	9.5	0.112	6	2172	0.112
2.29-2.4	100	9.5	0.096	6.6	2086	0.096
2.4-2.53	100	9.5	0.092	6.9	1979	0.092
2.53-2.69	100	9.4	0.097	6.4	1884	0.097
2.69-2.87	100	9.4	0.094	6.4	1774	0.094
2.87-3.1	100	9.4	0.081	7.5	1652	0.081
3.1-3.4	100	9.3	0.073	8.3	1548	0.073
3.4-3.8	100	9.2	0.066	8.4	1384	0.066
3.8-4.39	100	9.1	0.063	8.2	1256	0.063
4.39-5.38	100	8.8	0.061	7.3	1076	0.061
5.38-7.6	100	8.5	0.057	8.2	854	0.057
7.6-29.98	98.1	7.3	0.068	7.2	506	0.068

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 2.776 / SU ML: 0.046 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.071
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. THERE MAY BE A MINOR DUAL CONFORMATION FROM RESIDUE 104 TO RESIDUE 116. THE SIDE CHAIN OF TYR110 CAN BE MODEL IN TWO ORIENTATION. IN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.175	1937	5 %	RANDOM
R_work	0.155	-	-	-
all	0.156	-	-	-
obs	-	36426	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.293 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1758	0	0	240	1998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.304	1.937	2481
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.272	3	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.933	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.219	24.624	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.866	15	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.404	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2061
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	923
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.096	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.136	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.192	3	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.467	3	450
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.797	5	1748
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.702	8	826
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.349	11	730

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	137	-
R_work	0.187	2665	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.1713 Å / Origin y: 44.5958 Å / Origin z: 23.1674 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0501 Å²	0.0092 Å²	-0.0148 Å²	-	-0.0394 Å²	0.0185 Å²	-	-	-0.0208 Å²
L	0.6991 °²	0.0316 °²	-0.0879 °²	-	1.0757 °²	0.1637 °²	-	-	0.5274 °²
S	0.0041 Å °	-0.0318 Å °	0.0222 Å °	0.0007 Å °	0.0172 Å °	0.0501 Å °	-0.0116 Å °	-0.0118 Å °	-0.0213 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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