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Yorodumi- PDB-3qfg: Structure of a putative lipoprotein from Staphylococcus aureus su... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qfg | ||||||
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Title | Structure of a putative lipoprotein from Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
Function / homology | Domain of unknown function DUF5067 / Domain of unknown function (DUF5067) / Immunoglobulin-like - #1240 / Immunoprotective extracellular, immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DUF5067 domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 3.08 Å | ||||||
Authors | Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kiryukhina, O. / Papazisi, L. / Bagnoli, F. / Falugi, F. ...Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kiryukhina, O. / Papazisi, L. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure of a putative lipoprotein from Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 Authors: Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kiryukhina, O. / Papazisi, L. / Bagnoli, F. / Falugi, F. / Bottomley, M. / Grandi, G. / Anderson, W.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qfg.cif.gz | 132.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qfg.ent.gz | 110.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qfg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/3qfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qf/3qfg | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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-Assembly
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 28966.543 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: Sequence database residues 18-242 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus subsp. aureus (bacteria) Strain: NCTC 8325 / Gene: SAOUHSC_00808 / Plasmid: pET 15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic / References: UniProt: Q2G019 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 0.1M SPG buffer, 25% w/v PEG 1500, pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 6, 2010 / Details: MIRROR |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.08→57.17 Å / Num. all: 12868 / Num. obs: 12868 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 73.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 31.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.08→3.15 Å / Redundancy: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 608 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 3.08→57.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 53.457 / SU ML: 0.426 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.515 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 81.346 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.08→57.17 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2034 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 3.082→3.162 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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