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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zyu | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis shikimate kinase in complex with shikimate and amppcp at 2.85 angstrom resolution | ||||||
要素 | Shikimate kinase | ||||||
キーワード | SIGANLING PROTEIN / TRANSFERASE (転移酵素) / shikimate pathway (シキミ酸経路) / shikimate kinase / ternary complex / drug design (医薬品設計) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 shikimate kinase / shikimate metabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / shikimate kinase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Gan, J.H. / Gu, Y.J. / Li, Y. / Yan, H.G. / Ji, X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Crystal Structure of Mycobacterium tuberculosis Shikimate Kinase in Complex with Shikimic Acid and an ATP Analogue 著者: Gan, J.H. / Gu, Y.J. / Li, Y. / Yan, H.G. / Ji, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zyu.cif.gz | 47.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zyu.ent.gz | 32.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zyu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/1zyu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18612.352 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1 -- 176 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: aroK / プラスミド: PET-17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A4Z2, UniProt: P9WPY3*PLUS, shikimate kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ACP / |
#3: 化合物 | ChemComp-SKM / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.4 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 3000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER PROTEUM 300 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月19日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→28.78 Å / Num. all: 4580 / Num. obs: 4580 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 36.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→3.03 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.303 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 44.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1L4U 解像度: 2.9→28.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 148980.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.9218 Å2 / ksol: 0.360743 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.78 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.055 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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