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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1zx6 | ||||||
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タイトル | High-resolution crystal structure of yeast Pin3 SH3 domain | ||||||
要素 | Ypr154wp | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / SH3 domain (SH3ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Recycling pathway of L1 / RHOV GTPase cycle / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neutrophil degranulation / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Kursula, P. / Kursula, I. / Lehmann, F. / Zou, P. / Song, Y.H. / Wilmanns, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural genomics of yeast SH3 domains 著者: Kursula, P. / Kursula, I. / Lehmann, F. / Zou, P. / Song, Y.H. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1zx6.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1zx6.ent.gz | 15 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1zx6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/1zx6 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6516.325 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pDEST-17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06449 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.813 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.813 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 7155 / Num. obs: 7155 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 1187 / Rsym value: 0.312 / % possible all: 96.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB Entry: 1oot 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.335 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS REFINEMENT / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.942 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 12.1845 Å / Origin y: 27.5746 Å / Origin z: 3.0117 Å
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