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万見
- PDB-1zea: Structure of the anti-cholera toxin antibody Fab fragment TE33 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1zea
タイトルStructure of the anti-cholera toxin antibody Fab fragment TE33 in complex with a D-peptide
要素
  • monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, H chain
  • monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, L chain
  • short synthetic D-amino acid peptide D2
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / polyspecificity / cross-reactivity (交差反応性) / anti-cholera toxin / antigen-antibody complex / antigen recognition (抗原提示) / substitution matrix
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / blood microparticle / 免疫応答 / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クエン酸 / If kappa light chain / Anti-CEA 79 single chain Fv
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Scheerer, P. / Krauss, N. / Wessner, H. / Scholz, C. / Otte, L. / Seifert, M. / Kramer, A. / Schneider-Mergener, J. / Hoehne, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Recognit. / 年: 2007
タイトル: Structure of an anti-cholera toxin antibody Fab in complex with an epitope-derived D-peptide: a case of polyspecific recognition.
著者: Scheerer, P. / Kramer, A. / Otte, L. / Seifert, M. / Wessner, H. / Scholz, C. / Krauss, N. / Schneider-Mergener, J. / Hohne, W.
履歴
登録2005年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年8月28日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_entity_src_syn ...diffrn_source / pdbx_entity_src_syn / reflns / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, L chain
H: monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, H chain
A: short synthetic D-amino acid peptide D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6285
ポリマ－48,2443
非ポリマー3842
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.638, 108.862, 40.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: 抗体 monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, L chain


分子量: 23843.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 株: BALB/c / 参照: UniProt: A2NHM3
#2: 抗体 monoclonal anti-cholera toxin IGG1 KAPPA antibody, H chain


分子量: 23410.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 株: BALB/c / 参照: UniProt: Q921A6
#3: タンパク質・ペプチド short synthetic D-amino acid peptide D2


分子量: 990.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This D-amino acid sequence occurs peptide synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸 / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 8000, citrat buffer, potassium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8095 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年10月26日 / 詳細: bent mirrors
放射モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8095 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→23 Å / Num. all: 40461 / Num. obs: 40461 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.78 % / Biso Wilson estimate: 20.25 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 14.14
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 3.29 % / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique all: 1916 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TET

1tet


解像度: 1.78→23 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The current model includes the FAB fragment TE33, residues DVA A 1 - DSN A 9 of the bound D-amino acid peptide D2, 276 water molecules and 2 CITRATE ion. The light and heavy chains have been ...詳細: The current model includes the FAB fragment TE33, residues DVA A 1 - DSN A 9 of the bound D-amino acid peptide D2, 276 water molecules and 2 CITRATE ion. The light and heavy chains have been designated *L* and *H*, respectively. Peptide has been designated *A*. The numbering of TE33 residues is essentially according to E. KABAT (E.A. KABAT,T.T. WU, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN, sequences of proteins of Imuunological interest, 5TH ED.,(1991), NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD.). There is no electron density corresponding to the 7-residue stretch H 127 - H 133 in the constant domain of heavy chain H.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1989 -random
Rwork0.198 ---
all0.201 40407 --
obs0.201 40407 93.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.0271 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.057 Å20 Å20 Å2
2--0.188 Å20 Å2
3---1.868 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.09 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3354 0 26 276 3656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0119
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.91236
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg28.06804
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.94903
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 172 -
Rwork0.217 --
obs-3796 85.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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