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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1yzq | ||||||
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タイトル | GppNHp-Bound Rab6 GTPase | ||||||
![]() | small GTP binding protein RAB6 isoform | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() peptidyl-cysteine methylation / minus-end-directed organelle transport along microtubule / protein localization to Golgi membrane / endosome to plasma membrane transport vesicle / early endosome to Golgi transport / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5. 著者: Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1yu9C ![]() 1yvdC ![]() 1yzkC ![]() 1yzlC ![]() 1yzmC ![]() 1yznC ![]() 1yztC ![]() 1yzuC ![]() 1z06C ![]() 1z07C ![]() 1z08C ![]() 1z0aC ![]() 1z0dC ![]() 1z0fC ![]() 1z0iC ![]() 1z0jC ![]() 1z0kC ![]() 1z22C ![]() 1z2aC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19372.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-GNP / ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 % |
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結晶化![]() | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 6000, 300mM Magnesium Chloride, 10% glycerol, 50mM HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月13日 / 詳細: Osmic mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 20059 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 27.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.83 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique all: 1576 / Rsym value: 0.282 / % possible all: 95.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: Polyalanine Rab3a GTPase 解像度: 1.78→6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.861 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.146 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.115 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.78→1.822 Å / Total num. of bins used: 20
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