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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ynz | ||||||
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タイトル | SH3 domain of yeast Pin3 | ||||||
要素 | Pin3p | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING (タンパク質) / SH3 domain (SH3ドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Recycling pathway of L1 / RHOV GTPase cycle / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / actin cortical patch / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Neutrophil degranulation / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kursula, P. / Kursula, I. / Zou, P. / Lehmann, F. / Song, Y.H. / Wilmanns, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structural analysis of the yeast SH3 domain proteome 著者: Kursula, P. / Kursula, I. / Zou, P. / Lehmann, F. / Song, Y.H. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ynz.cif.gz | 22.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ynz.ent.gz | 13.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ynz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/1ynz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yn/1ynz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6516.325 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RIL / 参照: GenBank: 6325412, UniProt: Q06449*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 2805 / Num. obs: 2805 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 21.7 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 347 / Rsym value: 0.307 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.918 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 6.762 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.405 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
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