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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y50 | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Bacillus stearothermophilus Histidine phosphocarrier protein (Hpr) F29W mutant domain_swapped dimer | ||||||
要素 | Phosphocarrier protein HPr | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Bacillus stearothermophilus F29W mutant domain-swapped dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Sridharan, S. / Razvi, A. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: The HPr proteins from the thermophile Bacillus stearothermophilus can form domain-swapped dimers. 著者: Sridharan, S. / Razvi, A. / Scholtz, J.M. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y50.cif.gz | 30.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y50.ent.gz | 19.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y50.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/1y50 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/1y50 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9215.599 Da / 分子数: 1 / 変異: F29W / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) 遺伝子: ptsH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ES7R / 参照: UniProt: P42013 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 68-74 % ammonium sulfate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.0K |
-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID |
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検出器 | 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 6544 / Num. obs: 6174 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 5.2 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 31.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 456 / Rsym value: 0.244 / % possible all: 70.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: wild-type BstHpr 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.918 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.916 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
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