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- PDB-1xq6: X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g02240 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xq6
タイトルX-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g02240
要素unknown protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / CESG / AT5G02240 / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


response to abscisic acid / plant-type vacuole / アポプラスト / 葉緑体 / oxidoreductase activity / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Sanguinarine reductase SARED1-like / NAD(P)H-binding / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Uncharacterized protein At5g02240
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g02240
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics
履歴
登録2004年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: unknown protein
B: unknown protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6724
ポリマ－54,1862
非ポリマー1,4872
水7,206400
1
A: unknown protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8362
ポリマ－27,0931
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: unknown protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8362
ポリマ－27,0931
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.750, 69.799, 83.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 unknown protein


分子量: 27092.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g02240 / プラスミド: pVP-13 (pQE derivative) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) p(LacI+RARE) / 参照: UniProt: Q94EG6
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE / ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.5151
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.510 MG/ML PROTEIN, 28 PERCENT PEG 4K, 0.034 M SODIUM MALONATE, 0.10 M BISTRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
2932蒸気拡散法, ハンギングドロップ法6.510 MG/ML PROTEIN, 24 PERCENT PEG 4K, 0.136 M SODIUM MALONATE, 0.10 M BISTRIS, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-ID-B10.9793
シンクロトロンAPS 14-ID-B20.9794, 0.9790, 0.9637
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 165 mm1CCD2004年8月9日bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
MAR CCD 165 mm2CCD2004年8月8日bent cylindrical Si-mirror (Rh coating)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond (111) double-crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Diamond (111) double-crystalMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97941
30.9791
40.96371
反射解像度: 1.8→23.565 Å / Num. obs: 52253 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allΧ2% possible all
1.8-1.8650.6932.6748110.7887.3
1.86-1.940.51748990.93988.3
1.94-2.030.36349181.17989.3
2.03-2.130.21151041.20192
2.13-2.270.12653151.06395.6
2.27-2.440.08953580.99296.9
2.44-2.690.05754990.81998.6
2.69-3.080.04255220.82999.2
3.08-3.880.02755520.77799.3
3.88-1000.02152750.73992.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 2.05 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.46 / 反射: 32618
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
1110.97951.3-10.73
1120.97924.28-8.04
1130.96413.31-3.89
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
17.55916.73313.481SE300.99
247.85413.98934.261SE50.31.03
319.01518.2435.408SE600.81
417.7714.99936.01SE600.74
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
7.15-200.711758
4.59-7.150.72859
3.61-4.590.723614
3.07-3.610.644184
2.72-3.070.544664
2.46-2.720.395065
2.27-2.460.255376
2.12-2.270.155098
Phasing dmFOM : 0.61 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.64 / 反射: 32619 / Reflection acentric: 29470 / Reflection centric: 3149
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
5.9-19.8810.960.960.915371149388
3.7-5.90.940.950.8846273954673
2.9-3.70.850.860.7857185100618
2.6-2.90.670.680.5556415147494
2.2-2.60.420.430.3597609082678
2.1-2.20.230.230.2253365038298

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.06位相決定
RESOLVE2.06位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→23.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / WRfactor Rfree: 0.274 / WRfactor Rwork: 0.218 / SU B: 5.126 / SU ML: 0.154 / SU R Cruickshank DPI: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.16 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2776 2445 5.165 %RANDOM
Rwork0.2183 ---
all0.221 ---
obs0.221 47341 95.167 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.229 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.807 Å20 Å20.272 Å2
2---0.278 Å20 Å2
3---2.141 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3814 0 96 400 4310
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8332.0085402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0725504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.07725.57158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.82515684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4541516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022940
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.22037
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22742
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1810.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2320.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.80822585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.86444008
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8161589
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.38181394
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8-1.8460.4141620.3613058360889.246
1.846-1.8970.4261700.3332976352689.223
1.897-1.9510.371780.3013012353290.317
1.951-2.0110.3381640.2642900331492.456
2.011-2.0760.3061490.2722897321594.743
2.076-2.1490.3121500.2492912318596.138
2.149-2.2290.3841540.2452836308996.795
2.229-2.3190.2961540.2432662290097.103
2.319-2.4210.2911380.2362610280797.898
2.421-2.5380.2861410.2372532270099
2.538-2.6740.2761380.2272393254299.567
2.674-2.8340.3191210.2212300243999.262
2.834-3.0260.2341090.2152154229498.649
3.026-3.2640.2891060.2042021213499.672
3.264-3.5690.2621040.1861860197399.544
3.569-3.9790.242850.1731672179797.774
3.979-4.5730.226660.1631461158996.098
4.573-5.5480.211700.1821253136097.279
5.548-7.6380.205620.214965108294.917
7.638-23.570.208240.2342265967.678

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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