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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xq6 | ||||||
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タイトル | X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g02240 | ||||||
![]() | unknown protein | ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() response to abscisic acid / plant-type vacuole / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray Structure of Gene Product from Arabidopsis Thaliana At5g02240 著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27092.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: At5g02240 / プラスミド: pVP-13 (pQE derivative) / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 |
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結晶化![]() |
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→23.565 Å / Num. obs: 52253 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 19.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 2.05 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.46 / 反射: 32618 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing dm | FOM : 0.61 / FOM acentric: 0.6 / FOM centric: 0.64 / 反射: 32619 / Reflection acentric: 29470 / Reflection centric: 3149 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.229 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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