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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xao | ||||||
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タイトル | Hsp40-Ydj1 dimerization domain | ||||||
要素 | Mitochondrial protein import protein MAS5ミトコンドリア | ||||||
キーワード | CHAPERONE (シャペロン) / Beta sheets (Βシート) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA import into nucleus / TRC complex / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to oxygen levels / protein targeting to ER / protein targeting to mitochondrion / 'de novo' protein folding / ATPase activator activity / chaperone-mediated protein complex assembly / : ...tRNA import into nucleus / TRC complex / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / response to oxygen levels / protein targeting to ER / protein targeting to mitochondrion / 'de novo' protein folding / ATPase activator activity / chaperone-mediated protein complex assembly / : / Hsp70 protein binding / transcription repressor complex / unfolded protein binding / protein transport / response to heat / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-folding chaperone binding / protein refolding / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.07 Å | ||||||
データ登録者 | Wu, Y. / Sha, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: The crystal structure of the C-terminal fragment of yeast Hsp40 Ydj1 reveals novel dimerization motif for Hsp40 著者: Wu, Y. / Li, J. / Jin, Z. / Fu, Z. / Sha, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xao.cif.gz | 61.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xao.ent.gz | 45.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xao.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/1xao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/1xao | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13266.318 Da / 分子数: 2 / 断片: Ydj1 (residues 258-378) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: MAS5, YDJ1 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25491 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.615 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: Sodium Chloride, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97936, 0.97947, 0.97242 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月29日 / 詳細: ID | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.07→27.16 Å / Num. all: 15669 / Num. obs: 15669 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.07→2.13 Å / % possible all: 67.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.07→27.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1656796.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.7505 Å2 / ksol: 0.340822 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.07→27.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.07→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.044 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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