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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x8i | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Zinc Carbapenemase CphA in Complex with the Antibiotic Biapenem | ||||||
要素 | Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / ペリプラズム / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Garau, G. / Dideberg, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: A Metallo-beta-lactamase Enzyme in Action: Crystal Structures of the Monozinc Carbapenemase CphA and its Complex with Biapenem 著者: Garau, G. / Bebrone, C. / Anne, C. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O. #1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004 タイトル: Update of the standard numbering scheme for class B beta-lactamases 著者: Garau, G. / Garcia-Saez, I. / Bebrone, C. / Anne, C. / Mercuri, P. / Galleni, M. / Frere, J.M. / Dideberg, O. #2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995 タイトル: The 3-D structure of a zinc metallo-beta-lactamase from Bacillus cereus reveals a new type of protein fold 著者: Carfi, A. / Pares, S. / Duee, E. / Galleni, M. / Duez, C. / Frere, J.M. / Dideberg, O. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Three-dimensional structure of FEZ-1, a monomeric subclass B3 metallo-beta-lactamase from Fluoribacter gormanii, in native form and in complex with D-captopril 著者: Garcia-Saez, I. / Mercuri, P.S. / Papamicael, C. / Kahn, R. / Frere, J.M. / Galleni, M. / Rossolini, G.M. / Dideberg, O. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x8i.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x8i.ent.gz | 47.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x8i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/1x8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/1x8i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 25163.768 Da / 分子数: 1 / 変異: N220G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (エロモナス・ハイドロフィラ) 遺伝子: cphA / プラスミド: PUC20-CPHA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(PLYSS) / 参照: UniProt: P26918, Β-ラクタマーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 197分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-BMH / | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % |
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結晶化 | 温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG, AS, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 280K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.54179 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54179 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→26.5 Å / Num. obs: 20636 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 3.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.29 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: CphA (N220G) mutant 解像度: 1.9→26.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.37 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.545 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→26.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
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