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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1g67 | ||||||
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タイトル | THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
要素 | THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / THIAMIN BIOSYNTHESIS / TIM BARREL (TIMバレル) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiamine phosphate synthase / thiamine-phosphate diphosphorylase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Peapus, D.H. / Chiu, H.-J. / Campobasso, N. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2001 タイトル: Structural characterization of the enzyme-substrate, enzyme-intermediate, and enzyme-product complexes of thiamin phosphate synthase. 著者: Peapus, D.H. / Chiu, H.J. / Campobasso, N. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1999 タイトル: Crystal Structure of Thiamin Phosphate Synthase from Bacillus subtilis at 1.25A Resolution 著者: Chiu, H.-J. / Reddick, J.J. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. #2: ジャーナル: J.BACTERIOL. / 年: 1997 タイトル: CHARACTERIZATION OF THE BACILLUS SUBTILIS THIC OPERON INVOLVED IN THIAMINE BIOSYNTHESIS 著者: ZHANG, Y. / TAYLOR, S.V. / CHIU, H.-J. / BEGLEY, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1g67.cif.gz | 105.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1g67.ent.gz | 79.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1g67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/1g67 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 24020.348 Da / 分子数: 2 / 変異: S130A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: COMPLEXED WITH 2-METHYL-5-METHYLENE-5H-PYRIMIDIN-4-YLIDENEAMINE, 4-METHYL-5-HYDROXYETHYLTHIAZOLE PHOSPHATE AND PYROPHOSPHATE 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: THIC / プラスミド: PYZC6927 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 WITH PREP4 / 参照: UniProt: P39594, thiamine phosphate synthase |
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-非ポリマー , 5種, 271分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: hanging drop vapor diffusion with micro seeding / pH: 7.5 詳細: 75mM TRIS-HCl, 75 mM MgCl2, 21-22% PEG4000 , pH 7.5, hanging drop vapor diffusion with micro seeding, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Chiu, H.-J., (1999) Biochemistry, 38, 6460. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.921 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年11月1日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.921 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→42.99 Å / Num. obs: 64370 / % possible obs: 77 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 16.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 | *PLUS Num. obs: 65601 / % possible obs: 78.7 % |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 64.3 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1G4E 解像度: 1.4→42.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 398888.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 立体化学のターゲット値: Maximum Likelihood Function
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.53 Å2 / ksol: 0.417 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→42.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 16.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.295 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor Rwork: 0.252 |