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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x6r | ||||||
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タイトル | Structure 5: room temperature crystal structure of the truncated pak pilin from Pseudomonas aeruginosa at 1.80A resolution | ||||||
要素 | Fimbrial protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / TYPE IV PILIN / LECTIN (レクチン) / ADHESIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å | ||||||
データ登録者 | Dunlop, K.V. / Irvin, R.T. / Hazes, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: Pros and cons of cryocrystallography: should we also collect a room-temperature data set? 著者: Dunlop, K.V. / Irvin, R.T. / Hazes, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x6r.cif.gz | 37.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x6r.ent.gz | 25.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x6r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6r | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Protein assembles to form a fiber. See PDB codes 1DZO and 1AY2 |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12696.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: K / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR FILAMENTOUS APPENDAGE / 遺伝子: pilA, fimA / プラスミド: PRLD / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02973 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2 詳細: 60% Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年8月10日 / 詳細: SUPPER MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→23.6 Å / Num. all: 10367 / Num. obs: 10367 / % possible obs: 76 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.3 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11.59 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / % possible all: 76 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DZO 解像度: 1.82→23.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.192 / SU ML: 0.066 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.746 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→23.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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