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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wrl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the N-terminal domain of human cardiac troponin C in complex with trifluoperazine (monoclinic crystal form) | ||||||
要素 | Troponin C, slow skeletal and cardiac musclesトロポニンC | ||||||
キーワード | CONTRACTILE PROTEIN / EF-hand (EFハンド) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / トロポニン / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion ...diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / cardiac Troponin complex / トロポニン / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / Striated Muscle Contraction / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / troponin I binding / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / calcium ion binding / protein homodimerization activity / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Takeda, S. / Igarashi, T. / Oishi, Y. / Mori, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of human cardiac troponin C in complex with trifluoperazine 著者: Takeda, S. / Igarashi, T. / Oishi, Y. / Mori, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wrl.cif.gz | 116.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wrl.ent.gz | 94.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wrl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/1wrl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/1wrl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9951.096 Da / 分子数: 6 / 断片: N-terminal domain / 変異: C35S, C84S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys-S / 参照: UniProt: P63316 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-TFP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.7 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: PEG3350, magnesium chloride, calcium chloride, MES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL45PX / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月7日 |
放射 | モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 17934 / Num. obs: 17906 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.324 / Num. unique all: 1778 / % possible all: 99.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 51.3 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å
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