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万見
- PDB-1waa: IG27 protein domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1waa
タイトルIG27 protein domain
要素(TITINチチン) x 3
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CALMODULIN-BINDING / CYTOSKELETON (細胞骨格) / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN (免疫グロブリンフォールド) / MUSCLE PROTEIN (骨格筋) / PHOSPHORYLATION (リン酸化) / SERINE/THREONINE- PROTEIN KINASE / STRUCTURAL PROTEIN. (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy ...sarcomerogenesis / structural molecule activity conferring elasticity / telethonin binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / cardiac myofibril assembly / muscle alpha-actinin binding / detection of muscle stretch / cardiac muscle tissue morphogenesis / regulation of catalytic activity / cardiac muscle hypertrophy / mitotic chromosome condensation / Striated Muscle Contraction / M band / actinin binding / I band / cardiac muscle cell development / regulation of protein kinase activity / structural constituent of muscle / sarcomere organization / skeletal muscle thin filament assembly / striated muscle thin filament / striated muscle contraction / protein kinase A signaling / cardiac muscle contraction / condensed nuclear chromosome / muscle contraction / positive regulation of protein secretion / Z disc / response to calcium ion / : / actin filament binding / Platelet degranulation / protein tyrosine kinase activity / protease binding / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / リン酸化 / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / enzyme binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain ...PPAK motif / PPAK motif / Titin, Z repeat / Titin Z / MyBP-C, tri-helix bundle domain / Tri-helix bundle domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / フィブロネクチンIII型ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase domain / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Vega, M.C. / Valencia, L. / Zou, P. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: Plos Comput.Biol. / 年: 2009
タイトル: Mechanical Network in Titin Immunoglobulin from Force Distribution Analysis.
著者: Stacklies, W. / Vega, M.C. / Wilmanns, M. / Grater, F.
履歴
登録2004年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TITIN
B: TITIN
C: TITIN
D: TITIN
E: TITIN
F: TITIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,34530
ポリマ－60,7766
非ポリマー1,57024
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10740 Å2
ΔGint-757.7 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.240, 75.990, 134.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
TITIN / チチン / I27 DOMAIN FROM TITIN / HEART ISOFORM N2-B


分子量: 10124.597 Da / 分子数: 4 / 断片: IG DOMAIN, RESIDUES 12801-12889 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE骨格筋 / 器官: HEART心臓 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZ42, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#2: タンパク質 TITIN / チチン / I27 DOMAIN FROM TITIN / HEART ISOFORM N2-B


分子量: 10138.623 Da / 分子数: 1 / 断片: IG DOMAIN, RESIDUES 12801-12889 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE骨格筋 / 器官: HEART心臓 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZ42, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#3: タンパク質 TITIN / チチン / I27 DOMAIN FROM TITIN / HEART ISOFORM N2-B


分子量: 10138.622 Da / 分子数: 1 / 断片: IG DOMAIN, RESIDUES 12801-12889 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: MUSCLE骨格筋 / 器官: HEART心臓 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: Q8WZ42, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの）
#4: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FUNCTION: THIS MUSCLE PROTEIN MAY BE INVOLVED IN MUSCLE ASSEMBLY AND MAINTAINING THE STRUCTURAL ...FUNCTION: THIS MUSCLE PROTEIN MAY BE INVOLVED IN MUSCLE ASSEMBLY AND MAINTAINING THE STRUCTURAL INTEGRITY OF SARCOMERES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.84
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.84 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 53298 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.8→2 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TIT

1tit


解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU B: 13.244 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 3714 7.2 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.211 47862 86.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4215 0 24 480 4719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.9645648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7935546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.2726.604159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.5115713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2649
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.260.21879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22778
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.28722793
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.09434344
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8674.51542
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.80261304
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.2 1
Rwork0.231 4055
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.89351.9134-0.55136.1637-1.47981.6813-0.00970.0622-0.0367-0.21540.00990.04170.1178-0.0163-0.0001-0.150.0115-0.0171-0.13960.0097-0.114151.531738.814692.6619
23.1817-0.00722.24251.1946-0.89155.999-0.01310.22450.1673-0.05210.0123-0.0768-0.20730.1340.0008-0.10860.01490.0115-0.0952-0.0129-0.129751.116166.182571.003
32.39462.39850.97186.84931.45161.7958-0.09150.07850.1393-0.23460.00960.1335-0.1137-0.03560.0819-0.11970.005-0.0112-0.1228-0.0099-0.092742.818578.648889.9914
44.1636-0.5316-2.2542.3610.96244.7045-0.02570.1826-0.2281-0.09550.02040.03540.2656-0.07490.0053-0.11450.0205-0.0341-0.0989-0.0293-0.116243.192748.752172.4666
54.925-2.94382.27724.7246-1.94854.8237-0.1037-0.3677-0.11240.48660.20790.1890.2061-0.013-0.1042-0.01780.00040.0238-0.06320.0228-0.097642.752248.8668106.4446
63.7266-2.2217-1.73654.12352.37713.4532-0.0621-0.272-0.09650.2530.0397-0.00120.0595-0.05150.0224-0.1123-0.001-0.0227-0.0628-0.0184-0.120651.211971.0214105.3923
70.271-0.02150.02650.69060.00630.2749-0.0126-0.0071-0.00170.0097-0.0150.00010.00830.01610.02770.01620.0079-0.00270.0369-0.0110.034147.936258.437388.8532
80.6215-0.3057-0.16650.92720.02461.2811-0.0604-0.0563-0.06980.01750.02790.03560.1835-0.03470.0324-0.08550.0053-0.0222-0.0537-0.0134-0.027546.268457.073589.7216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 89
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4D-3 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5E-3 - 89
6X-RAY DIFFRACTION6F-3 - 89
7X-RAY DIFFRACTION7A2001 - 2105
8X-RAY DIFFRACTION7B2001 - 2088
9X-RAY DIFFRACTION7C2001 - 2075
10X-RAY DIFFRACTION7D2001 - 2073
11X-RAY DIFFRACTION7E2001 - 2062
12X-RAY DIFFRACTION7F2001 - 2077
13X-RAY DIFFRACTION8A1090 - 1094
14X-RAY DIFFRACTION8B1090 - 1094
15X-RAY DIFFRACTION8C1090 - 1094
16X-RAY DIFFRACTION8D1090 - 1092
17X-RAY DIFFRACTION8E1089 - 1091
18X-RAY DIFFRACTION8F1090 - 1092

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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