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万見
- PDB-1ujw: Structure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ujw
タイトルStructure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor binding domain
要素
  • Colicin E3
  • Vitamin B12 receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE / beta-barrel (Βバレル) / coiled-coil (コイルドコイル) / TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ion transmembrane transporter activity / ABC-type vitamin B12 transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cobalamin transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / porin activity / transmembrane transporter complex / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane ...negative regulation of ion transmembrane transporter activity / ABC-type vitamin B12 transporter activity / extrachromosomal circular DNA / cobalamin transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / porin activity / transmembrane transporter complex / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / ribosome binding / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / endonuclease activity / killing of cells of another organism / transmembrane transporter binding / defense response to bacterium / protein domain specific binding / calcium ion binding / RNA binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins / Colicin E3-like ribonuclease domain / Colicin E3-like ribonuclease domain superfamily / 細胞毒性 / TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Cloacin colicin family ...Helix Hairpins / Colicin E3-like ribonuclease domain / Colicin E3-like ribonuclease domain superfamily / 細胞毒性 / TonB-dependent vitamin B12 transporter BtuB / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 1. / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / TonB-dependent receptor, plug domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / Maltoporin; Chain A / TonB box, conserved site / Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1 / TonB-dependent receptor, conserved site / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins signature 2. / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Beta Complex / Helix Hairpins / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
アセト酢酸 / Chem-GP1 / 3-OXO-PENTADECANOIC ACID / Colicin E3 / Vitamin B12 transporter BtuB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Kurisu, G. / Zakharov, S.D. / Zhalnina, M.V. / Bano, S. / Eroukova, V.Y. / Rokitskaya, T.I. / Antonenko, Y.N. / Wiener, M.C. / Cramer, W.A.
引用ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2003
タイトル: The structure of BtuB with bound colicin E3 R-domain implies a translocon
著者: Kurisu, G. / Zakharov, S.D. / Zhalnina, M.V. / Bano, S. / Eroukova, V.Y. / Rokitskaya, T.I. / Antonenko, Y.N. / Wiener, M.C. / Cramer, W.A.
履歴
登録2003年8月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitamin B12 receptor
B: Colicin E3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,97322
ポリマ－81,4972
非ポリマー3,47620
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area33390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.933, 80.098, 233.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Vitamin B12 receptor / Cobalamin Transporter


分子量: 66386.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pJC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06129
#2: タンパク質 Colicin E3 / Colicin E3 A chain / Ribonuclease


分子量: 15110.648 Da / 分子数: 1 / Fragment: R-domain(residues 314-448) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET-216(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00646

-
糖 , 1種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-GP1 / 2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose / GLUCOSAMINE 1-PHOSPHATE / 1-O-phosphono-alpha-D-glucosamine / 2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-D-glucose / 2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-glucose / α-D-グルコサミン1-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 259.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14NO8P
識別子タイププログラム
a-D-Glcp1PO3NIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 28分子

#4: 化合物 ChemComp-LIM / 3-OXO-PENTADECANOIC ACID / 3-オキソペンタデカン酸


分子量: 256.381 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H28O3
#5: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド / Lauryldimethylamine oxide


分子量: 229.402 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-AAE / ACETOACETIC ACID / アセト酢酸 / アセト酢酸


分子量: 102.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.44 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mMMES1droppH6.5
20.1 M1dropNaCl
30.1 %(w/v)LDAO1drop
40.1 MADA1reservoirpH6.0
50.9 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM
検出器タイプ: SBC / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 37175
反射
*PLUS
最低解像度: 35.5 Å / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.8 % / Num. measured all: 139699 / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.75 Å / 最低解像度: 2.85 Å / % possible obs: 91.1 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NQE

1nqe


解像度: 2.75→37.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 14.189 / SU ML: 0.275 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.469 / ESU R Free: 0.333 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1864 5 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all0.247 ---
obs0.247 35281 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.66 Å20 Å20 Å2
2--6.6 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→37.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5472 0 232 10 5714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0215816
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025103
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8681.9597851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.936311889
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5745689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2812
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21251
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2490.26191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.23760
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.298
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1020.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2280.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.51.53412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96925452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75432404
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7824.52399
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.4 142
Rwork0.337 2370
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0485-0.85070.562.4505-0.58652.89040.11030.26890.25050.1042-0.0086-0.0295-0.81510.1827-0.10160.3741-0.06270.03230.17960.08190.047911.46137.101108.195
21.5866-0.16160.10971.0422-0.20743.14370.03570.37470.2645-0.07050.00950.0504-0.65820.1207-0.04520.3478-0.00490.02870.3450.09420.047510.11836.383104.122
30.2135-0.3343-0.79786.64735.95316.15730.11260.3052-0.13840.00610.3562-0.59030.35580.0013-0.46880.66680.0519-0.15260.821-0.11030.297513.3968.359.016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1334 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2AA134 - 594134 - 594
3X-RAY DIFFRACTION3BB323 - 43810 - 125
精密化
*PLUS
最低解像度: 35.5 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.868

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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