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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4khx | ||||||
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Title | Crystal structure of gp41 helix complexed with antibody 8062 | ||||||
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Function / homology | ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, M. / Gustchina, A. / Wlodawer, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Complexes of neutralizing and non-neutralizing affinity matured Fabs with a mimetic of the internal trimeric coiled-coil of HIV-1 gp41. Authors: Gustchina, E. / Li, M. / Ghirlando, R. / Schuck, P. / Louis, J.M. / Pierson, J. / Rao, P. / Subramaniam, S. / Gustchina, A. / Clore, G.M. / Wlodawer, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 194.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 164.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 7574.946 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Antibody | Mass: 26334.322 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
#3: Antibody | Mass: 22640.844 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.87 Å3/Da / Density % sol: 57.18 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 10% PEG4000, 20% isopropanol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 12, 2012 |
Radiation | Monochromator: mirror / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.921→50 Å / Num. all: 13242 / Num. obs: 13242 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.1 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 20.47 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.05 Å / Redundancy: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 427 / Rsym value: 0.41 / % possible all: 63.7 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.86 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.397 Å2 / ksol: 0.278 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.921→30.952 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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