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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1tgk | ||||||
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タイトル | HUMAN TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA 3, CRYSTALLIZED FROM PEG 4000 | ||||||
要素 | TRANSFORMING GROWTH FACTOR BETA 3TGF-β | ||||||
キーワード | GROWTH FACTOR (成長因子) / MITOGEN (分裂促進因子) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uterine wall breakdown / detection of hypoxia / frontal suture morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of tight junction disassembly / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / response to laminar fluid shear stress / type II transforming growth factor beta receptor binding ...uterine wall breakdown / detection of hypoxia / frontal suture morphogenesis / embryonic neurocranium morphogenesis / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of tight junction disassembly / negative regulation of macrophage cytokine production / secondary palate development / response to laminar fluid shear stress / type II transforming growth factor beta receptor binding / type I transforming growth factor beta receptor binding / mammary gland development / cell-cell junction organization / transforming growth factor beta binding / digestive tract development / face morphogenesis / 歯の発生 / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of filopodium assembly / lung alveolus development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / inner ear development / positive regulation of cell division / ECM proteoglycans / positive regulation of collagen biosynthetic process / salivary gland morphogenesis / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of stress fiber assembly / 横行小管 / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / platelet alpha granule lumen / response to progesterone / cytokine activity / female pregnancy / positive regulation of protein secretion / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / growth factor activity / response to estrogen / Platelet degranulation / regulation of cell population proliferation / collagen-containing extracellular matrix / in utero embryonic development / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / response to hypoxia / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of DNA-templated transcription / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Mittl, P.R.E. / Priestle, J.P. / Gruetter, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: The crystal structure of TGF-beta 3 and comparison to TGF-beta 2: implications for receptor binding. 著者: Mittl, P.R. / Priestle, J.P. / Cox, D.A. / McMaster, G. / Cerletti, N. / Grutter, M.G. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Refined Crystal Structure of Human Transforming Growth Factor Beta 2 at 1.95 A Resolution 著者: Schlunegger, M.P. / Grutter, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1tgk.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1tgk.ent.gz | 21.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1tgk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/1tgk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/1tgk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12734.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 解説: STRAIN DEPOSITED AT DEUTSCHE SAMMLUNG VON MIKROORGANISMEN, MASCHENRODER WEG 1B, 3300 BRAUNSCHWEIG, GERMANY, ACCESSION NUMBER DSM 5658 遺伝子: HTGF-BETA3 / プラスミド: PPLMU / 遺伝子 (発現宿主): HTGF-BETA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LC137 / 参照: UniProt: P10600 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.94 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: PEG 4000 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20-22 ℃ / pH: 8.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1992年12月23日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 4232 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.132 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 9999 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 3.36 Å / % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.3→10 Å / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 40.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |