+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1swh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CORE-STREPTAVIDIN MUTANT W79F AT PH 4.5 | ||||||
要素 | CORE-STREPTAVIDIN | ||||||
キーワード | BIOTIN-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Freitag, S. / Le Trong, I. / Chilkoti, A. / Klumb, L.A. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structural studies of binding site tryptophan mutants in the high-affinity streptavidin-biotin complex. 著者: Freitag, S. / Le Trong, I. / Chilkoti, A. / Klumb, L.A. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Thermodynamic and Structural Consequences of Flexible Loop Deletion by Circular Permutation in the Streptavidin-Biotin System 著者: Chu, V. / Freitag, S. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Stayton, P.S. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Structural Studies of the Streptavidin Binding Loop 著者: Freitag, S. / Le Trong, I. / Klumb, L. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1swh.cif.gz | 100.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1swh.ent.gz | 77.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1swh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/1swh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/1swh | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13242.300 Da / 分子数: 4 / 変異: W79F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 解説: PET-210, NOVAGEN, INC., MADISON,WI / プラスミド: PET-210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.5 / 詳細: pH 4.5 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月16日 / 詳細: MSC MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→48.03 Å / Num. obs: 31526 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.118 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 47 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 54975 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 47 % |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PTS, A SECOND DIMER WAS CONSTRUCTED USING THE TWO-FOLD AXIS 解像度: 1.7→10 Å / Num. parameters: 14615 / Num. restraintsaints: 14535 / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 3243 / Occupancy sum non hydrogen: 3653 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.157 / Rfactor Rfree: 0.237 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 37 Å2 |