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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1swn | ||||||
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タイトル | CORE-STREPTAVIDIN MUTANT W108F IN COMPLEX WITH BIOTIN AT PH 7.0 | ||||||
要素 | CORE-STREPTAVIDIN | ||||||
キーワード | BIOTIN-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Freitag, S. / Le Trong, I. / Chilkoti, A. / Klumb, L.A. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structural studies of binding site tryptophan mutants in the high-affinity streptavidin-biotin complex. 著者: Freitag, S. / Le Trong, I. / Chilkoti, A. / Klumb, L.A. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Thermodynamic and Structural Consequences of Flexible Loop Deletion by Circular Permutation in the Streptavidin-Biotin System 著者: Chu, V. / Freitag, S. / Le Trong, I. / Stenkamp, R.E. / Stayton, P.S. #2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Structural Studies of the Streptavidin Binding Loop 著者: Freitag, S. / Le Trong, I. / Klumb, L. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1swn.cif.gz | 102.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1swn.ent.gz | 79.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1swn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/1swn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sw/1swn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13242.301 Da / 分子数: 4 / 変異: W108F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 解説: PET-210, NOVAGEN, INC., MADISON,WI / プラスミド: PET-210 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: pH 7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年11月21日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 19696 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 13.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 35 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 84710 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1SWA 解像度: 2.2→10 Å / Num. parameters: 14999 / Num. restraintsaints: 14914 / 交差検証法: RFREE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: LOOP RESIDUES 45-48 IN CHAIN B ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL. LOOP RESIDUES 45-52 WERE REFINED WITH AN OCCUPANCY OF 0.5 IN CHAIN C.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 3315.5 / Occupancy sum non hydrogen: 3716 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.16 / Rfactor Rfree: 0.246 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 29 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_plane_restr / Dev ideal: 0.015 |